Дополнительное задание

2. Сравните выравнивание семейства домена, имеющегося в данной последовательности, с полученным выравниванием

Напишите комментарии:

• Подтверждают ли данные Pfam правильность состава вашего семейства?
• Имеются ли последовательности из вашего семейства, включающие долее одного домена Pfam?

Ответ

При поиске (см. указания), кроме банка поиска (Swiss-Prot) и программы (PSI-BLAST), измените ещё значение параметра "Max target sequences" с 500 на 5000, остальным параметрам оставьте значения по умолчанию. Выполните до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога на E-value 0,005; если же и после пятой итерации список не стабилизировался, можно на этом остановиться.

Заполните таблицу и напишите краткие выводы: как ведут себя итерации PSI-BLAST для этих последовательностей? Что (на качественном уровне) можно сказать о "разрыве" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога: как он меняется от итерации к итерации в каждом из случаев?

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога

Рекомендуется также проследить за изменениями значения E-value у самой лучшей находки (т.е., поданного на вход белка) и у какой-нибудь "средней" находки (например, той, которая при первой итерации была чуть выше порога).

Для той последовательности, для которой список не стабилизировался после пятой итерации, проведите поиск снова, изменив порог с 0,005 на 0,001. (Для разнообразия можно воспользоваться сервисом PSI-BLAST на EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/psiblast/, где порог 0,001 стоит по умолчанию). После каждой итерации обращайте внимание на описания находок выше и ниже порога и на значения e-value. На какой итерации теперь стабилизировался список? Постарайтесь объяснить, почему это произошло при пороге 0,001 и не произошло при пороге 0,005.

Как вы думаете, какое максимальное значение порога в данном конкретном случае можно поставить, чтобы итерации вели себя так же, как при пороге 0,001?