2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 7
Обязательными являются задания 1 и 2.
Результаты должны быть представлены на сайте. Допускается гиперссылка на таблицу xls. Описания и обсуждения должны быть на странице html.
1. Определите код доступа в банк Uniprot своего белка из первого семестра. Uniprot, ID mapping и перекодируйте из Refseq protein (ваш белок взят из этой БД) в Uniprot AC.
Войдите на kodomo с помощью Putty. Создайте директорию данного практикума и перейдите в нее.
2. Сравните описание вашего белка с описанием того же белка из геномов двух других представителей того же рода. Такие белки называются ортологами. Опишите различия в описаниях и прокомментируйте источник различий: действительные различия белков; разные синонимы в описаниях; неполнота аннотации одного из белков; …
Этапы
- Получите полную запись своего белка (entret)
Опишите белок в соответствии с таблицей (less, grep)
Ответьте на не менее, чем 3 вопроса из списка. Информация, на которой основан ответ, должна быть внесена во вторую часть таблицы.
- Найдите ортологов среди организмов того же рода, выберите двух (Uniprot, поиск по ключевым словам)
- Получите полные записи этих белков (entret)
- Дополните таблицу информацией про них (grep, less)
- Опишите различия. Предположите какие из описаний вашего белка можно перенести на его ортологов.
- Представьте полученные данные на своем сайте
- В директории ...block3/credits/ сохраните историю команд linux в файле XXXXXXX.history.
Дополнительные задания
3.(*) Найдите число предполагаемых ортологов вашего белка в базах данных Swissprot и TrEMBL. Используйте поиск в Uniprot по названию белка. Приведите запрос(-ы), число находок по каждому запросу в каждой из баз данных. Прокомментируйте результат.
4.(*) Найдите оперон АТФ-азный оперон в своей бактерии, пользуясь базой DOOR2, сравните с вашими данными из 1го семестра и прокомментируйте различия.
- Этапы:
- Узнайте и напишите определение термина “оперон”.
Воспользуйтесь базой оперонов DOOR2. Внимание! DOOR2 содержит предсказания оперонов, а не только экспериментально доказанные опероны! Напишите как авторы БД оценивают точность своих предсказаний. Переключение Genome browser - All operons позволяет получить табличную информацию об оперонах.
5.(*) То же задание про оперон вашего белка.