Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Практикум 7

Обязательными являются задания 1 и 2.

Результаты должны быть представлены на сайте. Допускается гиперссылка на таблицу xls. Описания и обсуждения должны быть на странице html.

1. Определите код доступа в банк Uniprot своего белка из первого семестра. Uniprot, ID mapping и перекодируйте из Refseq protein (ваш белок взят из этой БД) в Uniprot AC.

Войдите на kodomo с помощью Putty. Создайте директорию данного практикума и перейдите в нее.

2. Сравните описание вашего белка с описанием того же белка из геномов двух других представителей того же рода. Такие белки называются ортологами. Опишите различия в описаниях и прокомментируйте источник различий: действительные различия белков; разные синонимы в описаниях; неполнота аннотации одного из белков; …

Этапы

  1. Получите полную запись своего белка (entret)

  2. Опишите белок в соответствии с таблицей (less, grep)

  3. Ответьте на не менее, чем 3 вопроса из списка. Информация, на которой основан ответ, должна быть внесена во вторую часть таблицы.

  4. Найдите ортологов среди организмов того же рода, выберите двух (Uniprot, поиск по ключевым словам)
  5. Получите полные записи этих белков (entret)
  6. Дополните таблицу информацией про них (grep, less)
  7. Опишите различия. Предположите какие из описаний вашего белка можно перенести на его ортологов.
  8. Представьте полученные данные на своем сайте
  9. В директории ...block3/credits/ сохраните историю команд linux в файле XXXXXXX.history.

Дополнительные задания

3.(*) Найдите число предполагаемых ортологов вашего белка в базах данных Swissprot и TrEMBL. Используйте поиск в Uniprot по названию белка. Приведите запрос(-ы), число находок по каждому запросу в каждой из баз данных. Прокомментируйте результат.

4.(*) Найдите оперон АТФ-азный оперон в своей бактерии, пользуясь базой DOOR2, сравните с вашими данными из 1го семестра и прокомментируйте различия.

5.(*) То же задание про оперон вашего белка.