Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Блок 4. Зачётное задание в трех частях с прологом и эпилогом

Все задания должны быть выполнены до 15 мая.

Цель проекта

Часть 1: выбрать объекты изучения и построить выравнивание

См. указания

  1. Выбрать домен. Описать доменные архитектуры белков, содержащих домен.
  2. Выбрать две-три архитектуры, включающие этот домен
  3. Выбрать таксон и два-три его подтаксона для сравнения
  4. Выбрать не менее, чем по 15 представителей каждой из архитектур; для каждого подтаксона должно быть не менее 5 преставителей каждой архитектуры.
  5. Определить таксономию каждого представителя.
  6. Получить и, при необходимости, отредактировать совместное выравнивание всех отобранных последовательностей домена.

В отчете на сайте должно быть:

Часть 2: построить филогенетическое дерево последовательностей ДОМЕНА (а не полноразмерных белков)

См. указания

В отчете на сайте должно быть:

Часть 3: построить профиль подсемейства и охарактеризовать качество его работы

См. указания

Средства: программы пакета HMMER 2.3.2 (установлен на kodomo).

Последовательность действий

  1. Выделите хорошее подсемейство из выравнивания и сохраните в отдельном файле
  2. Постройте и откалибруйте профиль
  3. Проведите поиск по всем белкам Uniprot, включающим ваш домен
  4. Отметьте среди находок представителей подсемейства
  5. Охарактеризуйте результат поиска

В отчете на сайте должно быть:

На самом деле

принадлежит подсемейству

не принадлежит

сумма

Выше порога по профилю

X

Y

X+Y

Ниже порога

U

V

U+V

сумма

X + U

Y + V

X + Y + U + V