Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Подсказки

Геномный браузер на сервере NCBI

1. Как войти в геномный браузер

• Войдите в базу данных геномов NCBI, расположенную по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome.

• Введите в поле поиска идентификатор записи нужного генома (ACCESSION или AC).

• Вы попадете на страничку, описывающую проект получения полного генома вашего вируса или бактерии. На этой странице можно найти много полезной информации, в том числе и переключение в режим геномного браузера. Чтобы переключиться, найдите раздел с названием "Genome Region" и щелкните там на ссылке "Graphics".

• ! Если так геном вируса не находится, измените базу данных, по которой Вы ищете. Для этого в выпадающем меню, расположенном слева от поля поиска, выберите вместо "Genome" строку "Nucleotide" и повторите поиск.

2. Как пользоваться геномным браузером

• Картинку-подсказку, показывающую основные элементы окна геномного браузера, можно скачать или просмотреть тут. Если хотите, можете распечатать ее и на первых порах сверяться с ней.

• Попробуйте, пользуясь подсказкой, перейти в геномном браузере к произвольным координатам, например 100..200.

• Попробуйте приблизить до максимума и постепенно отдалять изображение; попробуйте переместиться по геному с помощью мыши и с помощью кнопок-стрелок в окне браузера.
• Серая полоска в рабочем окне изображает ДНК, а красные прямоугольники с белыми стрелками внутри показывают те места на ней, где кодируются гены белков. Стрелки внутри прямоугольников показывают направление кодирования. Если вы увидите синие прямоугольники - то это будут гены РНК.
• Направление цепей ДНК показывается только при максимальном увеличении, когда видно обе цепи. Верхняя направлена от 5' к 3', а нижняя - наоборот.
• Вы можете настроить внешний вид браузера, например, показывать или не показывать те или иные особенности, с помощью кнопки "Configure".

3. Как получить информацию о гене через геномный браузер

• Наведите мышь на интересующий вас ген. Появится всплывающее окошко с основной информацией об этом гене.
• Можно закрепить его на экране, тогда оно не пропадет, если курсор выйдет за его пределы; для этого нажмите первую серую кнопочку в нем с изображением кнопки.

• То, что стоит в этом окошке после CDS – это идентификатор данного гена, его ACCESSION.

• То, что называется Title – это значение поля \product.

• То, что называется Location – это координаты данного гена в геноме.

Задание 3

1. Бактерия.

   • Зайдите на страницу геномов http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome сайта NCBI

   • В окно поиска введите название своей бактерии и нажмите Search
   • Откроется страница с описанием вида бактерии. На ней есть таблица с нужной информацией.
2. Вирус.
   • (i) Вся информация есть в имеющейся у вас записи с геномом вашего вируса.

   • (ii) Можно ее получить в более красивом виде. Зайдите на страницу геномов http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome => viruses

   • Посмотрите таксономию вашего вируса в записи и щелкните по соответствующей ссылке снизу. Выберите Complete genomes
   • В появившемся списке найдите (CTRL+F) свой вирус и щелкните по его имени. Достаточно совпадения родового и видового имен (хотя у вирусов понятия рода и вида условны)
   • Щелкните по Genomes, появится информация о геноме.
   • Если геном состоит из нескольких отдельных ДНК или РНК, то щелканье по числу хромосом (колонка Chr в таблице) приведет к появлению списка записей с нукл. последовательностями. Их может быть больше, чем указано хромосом! Нужные вам записи содержат слова "complete genome".
3. Млекопитающее.

   • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome => Browse by organism (слева). Появится большой список.

   • В окошках выберите нужное чтобы сократить список.
   • Многие геномы ещё далеки от завершения. Выберите млекопитающее, для которого в столбце Chr (количество хромосом) не стоит прочерк. Пройдите по ссылке на страницу с описанием генома, там вы найдете необходимую информацию.
   • Будьте осторожны (особенно в формулировках)! Часто в описании генома приведены не все хромосомы. Длина последовательности и количество генов тоже не достоверны на 100% (например из-за того, что хромосомы часто собраны не полностью).
   • Если приведенная информация расходится со здравым смыслом, то напишите про это. Например, сложно представить себе млекопитающее, у которого отсутствуют митохондрии.
   • В тексте на странице генома вида иногда есть полезная информация.

Если проблемы, то смело обращайтесь за помощью, спрашивайте и пишите письма. Постараемся помочь.