Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Практикум 2. Задания

Протокол выполнения заданий должен быть выложен в папку зачётных заданий до следующего занятия.

Обязательные задания

Не забывайте смотреть подсказки к заданию, и не стесняйтесь спрашивать любого из преподавателей, если что-то не получается!

  1. Заведите почтовый ящик на Google (gmail), если его еще нет. Сообщите свой gmail-адрес преподавателям (лучше всего написать с этого адреса короткое письмо с темой вида "Ivanov I course").
  2. Настройте Far Manager для удобной работы.

    • Вынесите на рабочий стол ярлык для Far Manager.
    • Измените следующие настройки:
      • размер окна Far Manager и (если хочется) размер шрифта;
      • После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

      • начальные директории (одна – H:; другая – P:/y14/term1);

    • Создайте средствами Far manager в своей домашней директории (диск H: на компьютере в классе) поддиректорию term1 для работы в первом семестре, в ней – поддиректорию block1 для первого блока. В block1 создайте поддиректорию credits (туда вы будет помещать отчёты о выполненных заданиях) и тоже в block1 – поддиректорию pr2, рабочую директорию для текущего практикума.

    • Назначьте сочетания клавиш <правый_Ctrl+1> и <правый_Ctrl+2> для быстрого перехода в поддиректорию block1 вашей домашней директории и директорию P:/y14/term1/block1 на диске P:, соответственно.

    • Сохраните настройки. Проверьте, что настройки сохраняются при закрытии и открытии Far Manager!
    • Позовите преподавателя и продемонстрируйте результат.
  3. Скопируйте файл генома вируса из папки P:/y14/term1/block1/pr2/files/<ваш username>. В скопированном файле генома вируса найдите раздел, в котором содержится последовательность нуклеотидов этого генома.

  4. Создайте текстовый файл в fasta-формате (<Familiya>_<FileName>.fasta) с последовательностью этого генома и положите его в свою рабочую директорию текущего занятия (pr2). <FileName> – это имя скопированного файла генома без расширения. Также скопируйте этот файл в директорию зачетных заданий!

    • (*) Описание последовательности попробуйте найти в исходном, скачанном вами файле.
  5. В рабочей директории создайте файл протокола вашей работы на этом занятии: <Familiya>_pr2.doc (или docx). Вместо <Familiya> начиная с этого занятия и далее нужно использовать одно и то же написание вашей фамилии с заглавной буквы на английском языке без кавычек (то же самое, что вы указали при регистрации на kodomo). Все ваши протоколы должны отвечать некоторым требованиям. В протоколе этого занятия:

    • Запишите дату, тему занятия.
    • Запишите имя доставшегося вам файла с геномом вируса.
    • Внесите в протокол число нуклеотидов в последовательности ДНК из файла с геномом и опишите, как вы его определили.
    • Дополнительное задание. (*) Опишите, что вы смогли узнать о содержании файла, не считая последовательности нуклеотидов.
    • В паре предложений отметьте, что на этом занятии вызвало наибольшие сложности, или что сложностей не возникло.

Когда протокол будет готов для проверки, скопируйте его в директорию credits.