Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Занятие 7

Отчет по заданиям должен быть выложен на сайт к 6 апреля.

Для правильного выполнения заданий используйте подсказки. В случае трудностей (вообще или с выданным геном) пишите на anastasia.v.stolyarova@gmail.com

Помимо ответов на вопросы, приветствуются самостоятельные выводы.

Таблица генов

1. Геномное окружение, SEED

Цель задания: проверить консервативность геномного окружения заданного гена.

  1. Найдите данный ген (или гомологичный из близкородственного организма) в базе данных SEED. Если использовали гомолог, укажите в отчете его e-value по поиску BLAST-ом, и какому организму он принадлежит.

  2. Перейдите на страницу гена. В графическом окне с помощью вкладки “Advanced” получите изображение окрестности данного гена и около 10 его ортологов. Ваша задача - найти консервативное окружение данного гена, то есть такие группы ортологов, которые лежат в окрестности этого гена даже в достаточно далеких организмах (см. подсказки). Картинку вставьте в отчет.

  3. Опишите полученные результаты:

    • Какие гены появляются в окрестности данного гена во многих геномах (название, номер на картинке из SEED)?
    • Присутствуют ли эти гены в окрестности всех ортологов?
    • Если нет, что объединяет эти организмы (филогения, патогенные / непатогенные, грамположительные или грамотрицательные, ...)

2. Опероны, DOOR

Цель задания: найти гены, входящие в один оперон с заданным, и сравнить находки с результатами из SEED

  1. На сайте DOOR найдите оперон, в которых входит заданный ген.

  2. Приведите в отчете изображение оперона, его номер, названия входящих в него генов и белков, которые они кодируют.
  3. Нашлись ли эти гены с помощью SEED? Входят ли те же гены в опероны других организмов (прежде всего, найденных с помощью SEED)?

3. Метаболические пути, KEGG

Цель задания: выяснить, связаны ли найденные белки с заданным функционально

  1. Найдите белок, кодируемый данным геном, в KEGG. Перейдите на страницу метаболического пути, в который он входит.

  2. Опишите результаты:

    • Входят ли в этот метаболический путь белки из найденного оперона или найденные SEEDом?
    • Какова их функция, связана ли она с функцией заданного белка? Как это объяснить?
    Раскрасьте на схеме разными цветам заданный белок, белки из того же оперона и из консервативного геномного окружения. Приведите в отчете картинку, в подписи укажите, как что раскрашено.

Приведите в отчёте итоговую таблицу, в которой указаны:

Обратите внимание, что один и тот же белок может называться по-разному!

Отметьте (полужирным, подчёркиванием или цветом) белки, принадлежащие тому же метаболическому пути и белки, найденные и через SEED, и через DOOR. В подписи в таблице расшифруйте эти обозначения.