Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Язык R и его применение в биоинформатике

RStudio

Система для выполнения домашних заданий После регистрации пишите на fbbrcourse [собака] gmail.com, чтобы мы добавили вас в группу, тогда станут доступны домашние задания.

[Шпаргалка по функциям]

Занятия

1. 2 сентября. Введение. Знакомство с R-Studio. Базовый тип - вектор, dataframe. Графики.

• [лекция1]

Tutorial

2. 9 сентября. Графика. Отсутствующие данные. Матрицы. Списки.

Лекция 2

Tutorial

3. 16 сентября. Факторы. Файлы. Статистика.

[лекция3]

Tutorial

4. 23 сентября. Тесты ассоциации, GWAS. if, for, apply, merge

• Lecture3

Tutorial

• old L3

5. 30 сентября. Преобразование данных (reshape2). Графика (ggplot2). Чистка данных.

[лекция5]

Tutorial

6. 7 окт. Контрольная работа

[Файлы к контрольной работе]

7. 14 окт. Линейные модели, часть 1.

• [лекция 6]

• Датасет - цены на ноутбуки

  • Tutorial

8. 21 окт.Линейные модели, часть 2. [лекция 7] Датасет - паттерны эпигенетических модификаций в промоторах и энхансерах

Tutorial

1. 28 октября. Множественное тестирование, кластеризация.

   • [часть 1]

   • [часть 2]

   • [ Tutorial ]

2. 11 ноября. Кластеризация - продолжение

   • [часть 2]

   • [ Tutorial ]

3. 18 ноября. Классификаторы: SVM, Random Forest.

   • [ Лекция - SVM ]

   • [Нейронные сети]

   • [Случайный лес]

   • [ Tutorial ]

4. 25 ноября. BioconductoR, дифференциальная экспрессия по данным RNA-seq

   • Лекция - дифференциальная экспрессия

   • Tutorial

5. 2 декабря. Оформление отчетов в R (markdown). Gene Ontology.

   • [Markdown]

   • [Gene Ontology]

   • Tutorial markdown

   • Tutorial go

6. 9 декабря. Контрольная работа 2 [Файлы к контрольной работе]