Задание 1. В геноме человека найдите три гена, транскрипция которых инициируется с помощью TATA-бокс связывающего белка, и один - без сигнала TATA-бокса в промоторной области

ААл

TATA-бокс связывающий фактор TBP - архейный и эукариотический белок, узнающий восьминуклеотидный сигнал в ДНК с консенсусом TATAWAAR(Faiger et al., 2005).

Он является одним из ключевых ДНК-узнающих белков при образовании на промоторе генов комплекса TFIID инициации транскрипции с помощью Pol II(Lauder et al., 2016). Тем не менее, лишь часть промоторов имеет сигнал TATA-box, связываемый TBP.

См. литературу также на диске P: в директории семестра.

Отчет должен включать:

• для каждого гена
  • название
  • координату старта транскрипции (хромосома, позиция, ориентация гена); длину гена (от старта транскрипции до конца мРНК, включая все интроны и некодирующие участки мРНК)
  • два изображения: (i) в мелком масштабе, так, чтобы были видны соседние сигналы; (ii) промоторная область в крупном масштабе с последовательностью нуклеотидов; следите, чтобы изображения не включали лишних треков, только ген Refseq, сигнал (-ы) и пик (-и), EST для подтверждения транскрибируемости
  • наличие и координата относительно старта транскрипции консенсусной последовательности TATA-бокса в промоторной области
• Обсуждение результата

Указания.

• Используйте данные chip-seq для указанного белка и возможности Genome Browser UCSC. Удобный доступ - через сайт SYDH TFBS Track Settings.

• Выберите нужный транскрипционный фактор (TBP) и какой-либо эксперимент. Не забудьте сначала отключить все галочки, стоящие по умолчанию!
• Найдите и сохраните описание эксперимента: биол.образец, антитело, - и описание транскрипционного фактора.
• Выберите изображение и сигналов, и пиков, submit. Окажетесь в броузере генома в случайном месте
• Настройте изображение. Надо научиться:

  • Убирать и добавлять треки – полоски с определенными данным, привязанными к хромосоме

  • Менять масштаб изображения от целой хромосомы до последовательности нуклеотидов
  • Показывать участок по координатам в геноме, находить гены по названию. Сдвигаться направо и налево.
  • Показывать гены (предлагаю использовать Refseq genes в качестве первого выбора), мРНК и EST
  • Передвигать треки вверх и вниз

  • Если трек сигнала рисует полоску вместо графика покрытия нуклеотидов – щелкните по нему!

  • Трек с сигналом настройте так, чтобы автоматически вписывать график в окошко (используйте правую кнопку мыши, в меню выберите настройку трека ... и в нем ... auto). При такой настройке указывается минимальное и максимальное значение графика в окне)
• Настроенное изображение должно содержать треки: ген Refseq, EST, сигнал TBP в районе начала гена или демонстрировать его отсутствие; пики того же сигнала; пики детектиркются на основании отношения сигнала к контролю.