Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Совмещение структур

1. Найдите структурные гомологи вашего белка и выберите 2–4 из них

Используйте поиск по сходству структур в PDBeFold (можно использовать и другой сервис, если хочется). Можно регулировать:

Выберите структуры разных белков с RMSD между 0,8 и 2,5 и длиной выравнивания более 50% от длины вашего белка. Разумеется, пороги не являются абсолютными.

2. Постройте совмещение структур вашего белка и его 2–4 структурных гомологов


ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ, т.е. не обязательное для зачета задание

3.(*) Найдите пару белков, для которых гибкое структурное выравнивание включает существенно больше остатков, чем жесткое

Спрашивайте статьи или примеры из них у докладчиков по гибкому структурному выравниванию. Для каждого белка в PDB есть страница со списком структурных гомологов из программы jFATCAT. Для сравнения с жестким выравниванием можно запустить PDBeFold или другую программу жесткого совмещения.