2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2015
Работа с Pymol
Это занятие и последующие содержат задачи и только некторые подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт PymolWiki.
Отчёт по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию. Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB.
Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.
Оцените возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting . Измените структуру белка 1LMP.
Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведите одиночную мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом. Предварительно оцените зону контакта.
Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.
Присоедините флуоресцентную метку TAMRA к белку через сложноэфирную связь (за незнание химии 0). Используйте команды fuse и torsion.
- Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Нужные команды edit, editor.attach, bond,torsion.
- Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Команды: cmd.pair_fit("pair","nextpair"), trans=cmd.get_object_matrix("pair"), create, cmd.transform_selection
Дополнительные задания
- * Напишите скрипт для построения G-квадруплексной ДНК длинной 100 пар нуклеотидов или пентаплексную ДНК.
* Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе этого урока.
Работа и отчетность в jupyter notebook
Пример в виде HTML можно посмотреть тут.
Скачать этот пример для использования у себя можно здесь.
Работа ipython notebook и pymol на kodomo
Пример в виде HTML можно посмотреть тут.
Скачать этот пример для использования у себя можно здесь.