Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Макромолекулярный докинг

Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.

Вся работа будет происходить на kodomo в Putty или jupyter notebook, перед началом работы укажем путь к zdock:

   1 export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
   2 export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin

Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM из http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/.
Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обоим pdb исполльзуя pdb2gmx из Gromacs.
- Пример:

   1 pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p

Используйте силовое поле Gromos 53а6. Опция -ignh позволит избежать ошибки об unknown atoms.

   1 mark_sur my.pdb my_m.pdb

Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита mark_sur, внесите ваше предположение в отчёт.
Прочитайте информацию об использовании zdock просто запустив его.

Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER

Установлено, что:

1. замечательной программе zrank очень нужна пустая строка до начала записей об атомах.

2. полезно убрать именно вторую строчку из копии zdock.out (zdock.out.cp) и использовать её для работы zrank.

Запустите сам процесс докинга.
Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank:
```
   1 zrank zdock.out.cp 1 2000
   2 
   3 sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head
```
- или
```
   1 ln -s /home/preps/golovin/progs/bin/create_lig 
   2 create.pl zdock.out
   3 ls complex*pdb >list
   4 zrank list
```
Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt.
Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию -D программы zdock
Попробуйте найти в ваших результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash с использованием g_rms.