Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2017
• 2016
• 2015

• ...

1. Ответьте на вопросы теста по мотивам

Тест закрыт. ААл

2. [До 23:59 3го апреля] Составьте список белков Uniprot с заданным составом доменов Pfam

1. Выберите домен Pfam для работы и доменную архитектуру состоящую из двух доменов, выбранного и еще одного. Требования:
   1. Домен представлен у бактерий

   2. Домен входит в какую-нибудь двухдоменную архитектуру. Такая архитектура встречается более, чем у 60 белков. Желательно, чтобы таких белков было << 1000

2. Составьте таблицу с информацией о всех бактериальных белках с выбранной доменной архитектурой и сохраните её в Excel (или в google sheet). Информация должна включать: protein name, length, домены Pfam, organism, phylum (т.е. отдел), family, genus
3. (*) Определите интервал типичных длин белков от - до (мода на гистограмме длин)
4. (*) Составьте выборку из 40 – 60 последовательностей характерной длины. Чтобы получить представительную выборку, из нескольких семейств выбирайте по несколько последовательностей, принадлежащих разным родам.

Результат должен включать:

• ID, AC,название и число последовательностей среди бактерий для каждого из двух доменов
• Выбранную доменную архитектуру (картинку или текстовое описание) и число последовательностей с ней по данным Pfam
• Ссылку на электронную таблицу со списком последовательностей. Если выполнены c. и d. то в таблице должна быть колонка selected.

3. Постройте hmm профиль семейства белков с выбранной архитектурой и проверьте его работу

Следуйте указаниям

1. =c. и d. из задания 2 b. Скачайте, выровняйте последовательности выборки и проведите ревизию выравнивания с. Постройте HMM профиль выравнивания, калибруйте его. d. Проверьте работу профиля.
   • Скачайте последовательности Uniprot в формате .fasta, содержащие ОДИН домен из двух в вашей доменной архитектуре
   • Найдите среди скачанных последовательностей последовательности с выбранной вами доменной архитектурой
   • Сравните результат с таблицей из задания 2.
   e. Напишите отчет о полученных результатах

Что должно быть представлено для проверки по HMM профилю

1. Таблица белков с выбранной доменной архитектурой
2. Указание выбранного интервала характерных длин и гистограмма длин.

   Некоторые студенты выбирали интервалы пользуясь функциями КВАРТИЛЬ() и МОДА() без гистограмм. Я засчитывал, хотя это неправильно. Глазам виднее!

   • Советую показать гистограмму на веб-странице, т.к. некоторые гистограммы из присланного .xlsx файла не открывались у меня.То ли неудачная конвертация из LibrOffice, то ли конфликт версий

3. Список выборки. При проверке выборки мне интересны длины, составы доменов, таксономия

4. Выравнивание последовательностей выборки
5. Команда построения профиля и HMM профиль после калибровки как файл.
6. Критерий отбора множества последовательностей для проверки (какой домен, сколько последовательностей)
7. Команда поиска.
8. Таблица с результатами поиска по профилю и колонкой с отметкой совпадает ли доменная архитектура с выбранной. И колонки чувствительность при данном пороге и единица минус специфичность.
9. ROC кривая
10. Распределение весов находок (для визуализации ступеньки веса)
11. Выбранный вами порог для предсказания выбранной архитектуры и таблица 2х2 предсказание против "истины"
12. Обсуждение

Что на веб-странице, что по ссылкам в файлах выбирайте самостоятельно

Дополнительное задание

Делать не обязательно!!!

4. Сравните филогенетические деревья двух доменов Из выбранной доменной архитектуры

Указания еще не готовы.