2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016
2015
Семестр 7. Структурная биоинформатика
Информация
Записаться в очередь на проверку
Курс подходит к завершению. Большая просьба пройти опрос, если вы уже получили положительную оценку. Опрос анонимный.
11 января экзамен. Приходите, пожалуйста, не позднее 13:00. Если не собираетесь приходить, занесите это в очередь в графе "экзамен-3д" с пояснением, почему (автомат, неявка). Можно прийти и получить баллы за теорию, даже не имея допуска по практикумам/коллоквиуму; эти баллы будут учтены на пересдаче и пойдут в оценку, когда вы получите формальный допуск.
В 7 практикуме построение взаимодействий для пары "истинная поза – открытая структура" не имеет никакого смысла, так как у вас нет никакой информации об этих взаимодействиях. Это одна модель и другая модель, которые вовсе не обязаны хоть как-то друг другу соответствовать. Вы сдвинете одну относительно другой на ангстрем, получите другую картинку. А этот сдвиг вполне может быть следствием, например, разных алгоритмов структурного выравнивания.
Мы делаем совмещение структур двух форм, чтобы визуально сориентироваться, какие изменения с ними происходят. Далее мы работаем с соответствующими парами. Взаимодействия для истинной позы и белка, ее связавшего. Взаимодействия той формы, куда шел докинг, и результата докинга. Ищем пересечения, обзываем их якорными взаимодействиями. Не находим ничего, заявляем либо об однозначном induced fit, либо о том, что программа докинга врет и вообще плохая. Если заявляем второе, то подтверждаем тем, что делаем позитивный контроль, то есть редокинг – докинг лиганда в закрытую форму, из которой мы его изъяли.
Информация из кристалла – это ваша правда о том, что является концом процесса связывания. Информация из докинга – это ваша правда (если нет желания ставить докинг под сомнение и идти по пути постановки положительного контроля) о том, что является началом процесса связывания. Далее нужно сделать предположения о том, что происходит между.
В этом семестре после долгого простоя вам снова понадобятся ваши сайты. Если по прошествии лет вы ощущаете, что не помните, как с ними работать, или что-то не удобно и не оптимизированно для быстрого создания отчета, рекомендую посмотреть материалы для нынешнего второго курса, особенно лекцию по Bootstrap. Из нее можно взять простой темплейт, который заметно облегчит жизнь, если вы не гонитесь за уникальным авторским стилем. Также допускается сдача отчета в формате PDF или html-сконвертированного jupyter notebook. HTML2020 Bootstrap2020 — АЗло
Блок 1. Введение и повторение
Лекция 1. Зачем нам информация о структуре.
5 октября 2021, А. С. Злобин
[ Презентация ]
Практикум 1. PyMol, FoldIt
6 октября 2021, А. С. Злобин
ДЗ 1. PyMol
Мягкий дедлайн 20 октября 2021, жесткий дедлайн 27 октября 2021
—
Лекция 2. Внутримолекулярное и межмолекулярное распознавание
12 октября 2021, А. С. Злобин
[ Презентация ]
Блок 2. Методы получения структур биомолекул
Лекция 3. Рентгеноструктурный анализ, начало
13 октября 2021, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация ]
ДЗ 2. Электронная плотность
Мягкий дедлайн 27 октября 2021, жесткий дедлайн 3 ноября 2021
[ Задание ]
—
Семинар 1 по РСА
19 октября 2021, В.Д.Маслова, С.А.Спирин, А.В.Алексеевский
Ссылки на файлы, которые образовались при подговке к семинару (ААл). Может, помогут вспомнить что разбирали:)
[ план ] [ выборка слайдов из Лунина ]
Лекция 4. Рентгеноструктурный анализ, продолжение
20 октября 2021, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация ]
ДЗ 3. Файл PDB. Альтернативные положения, B фактор, кристалл
Мягкий дедлайн 3 ноября 2021, жесткий дедлайн 10 ноября 2021
[ Задание ]
—
Семинар 2 по РСА
26 октября 2021, В.Д.Маслова, С.А.Спирин, А.В.Алексеевский
Лекция 5. Рентгеноструктурный анализ, завершение
27 октября 2021, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация ]
ДЗ 4. ProDy. Синтез Фурье
Мягкий дедлайн 10 ноября 2021, жесткий дедлайн 17 ноября 2021
—
Лекция 6. ЯМР
2 ноября 2021, К. С. Минеев (ИБХ РАН)
[ Презентация ]
Лекция 7. КриоЭМ
3 ноября 2021, О. С. Соколова (МГУ)
[ Презентация 1 ] [ Презентация 2 ]
ДЗ 5. ЯМР vs КриоЭМ vs РСА
Мягкий дедлайн 24 ноября 2021, жесткий дедлайн 1 декабря 2021
[ Задание ]
—
Лекция 8. Оценка качества расшифровки структуры. Поиск ошибок
9 ноября 2021
[ Презентация ]
ДЗ 6. Валидация модели
Мягкий дедлайн 1 декабря 2021, жесткий дедлайн 8 декабря 2021
[ Задание ]
Консультация к коллоквиуму
10 ноября 2021
—
Коллоквиум
16 ноября 2021
Коллоквиум
17 ноября 2021
—
Блок 3. Структурная биоинформатика
Лекция 9. Разметка взаимодействий
23 ноября 2021
[ Презентация ]
Лекция 10. Поверхности, карманы, pKa
24 ноября 2021
[ Презентация ]
ДЗ 7. Карманы связывания, объем. Докинг
Мягкий дедлайн 8 декабря 2021, жесткий дедлайн 15 декабря 2021
[ Задание ]
—
Лекция 11. Вторичная структура
30 ноября 2021
[ Презентация ]
Лекция 12. Третичная структура, выделение доменов
1 декабря 2021
[ Презентация ]
ДЗ 8. Вторичная структура
Мягкий дедлайн 15 декабря 2021, жесткий дедлайн 22 декабря 2021
[ Задание ]
—
Обсуждение манифеста
7 декабря 2021
Лекция 13. Пространство укладок. Подобие структур. Структурные выравнивания
8 декабря 2021
[ Презентация ]
ДЗ 9. Структура/функция. Поиск по структуре
[ Задание ]
Мягкий дедлайн 22 декабря 2021, жесткий дедлайн 29 декабря 2021
—
Лекция 14. Структура/функция
14 декабря 2021
[ Презентация ]
Лекция 15. Подвижность, регуляция и эволюция структур.
15 декабря 2021
[ Презентация ]
ДЗ 10. Что может AlphaFold2
Мягкий дедлайн 29 декабря 2021, жесткий дедлайн 5 января 2022
[ Задание ]
—
Лекция 16. Задачи дизайна. Введение в моделирование.
21 декабря 2021
[ Презентация ]
Лекция 17. Предсказание структур. AlphaFold. ML на структурах
22 декабря 2021
[ Презентация ]