2024
2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016Отчёт должен иметь ссылки на файлы с результатами счёта.
Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
Цель данного занятия ознакомится с возможностями моделирования молекулярной динамики.
В этом занятии мы будем рользоваться пакетом молекулярной динамики Gromacs. Это программное обеспечение распостраняется под лицензией GPL, т.е. пользователь может скачать исходный код и свободен его изменять по своему усмотрению.
Общие положения
Типы файлов:
- gro - файл с координатами системы.
- top - файл с описанием ковалентных и нековалентных взаимодействий в молекулах.
- mdp - файл с описанием параметров для работы молеклярно-механического движка.
- tpr - файл для молеклярно-механического движка по сути есть объединение gro, top и mdp.
- trr, xtc - файл с координатами после рассчёта.
Основные программы из пакета, которые будут использованны на занятии:
Программы запускаются в консоли, флаги запуска программ начинаются с -, например -f. Как правило после флага следует либо имя файла либо значение параметра. Смотрите примеры ниже.
- editconf - манипуляция форматом координат и самими координатами. Пример:
1 editconf -f my.gro -o my.pdb
- genbox - наполнение ячейки растворителем.Пример:
1 genbox -cp my.gro -cs mysolvent.gro -p my.top -o my_solvated.gro
- genion - утилита для замены n молекул растворителя на ионы.
- grompp - объединение и проверка gro, top и mdp в tpr.
1 grompp -f my.mdp -c my.gro -p my.top
- mdrun - молеклярно-механический движок. На входе принимает tpr файл.
Объекты для практикума
На этом занятии Вам предлагается 4 различных систем для моделирования. Перейдите по ссылке для подробных инструкций по выполнению каждого задания.