Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020
Указания к практикуму 4
Как перебрасывать файлы со своего компьютера на kodomo и обратно
Если у вас старый Windows
Установите одну из двух программ: WinSCP или Far manager.
С WinSCP можно разобраться самостоятельно (кое-что есть в прошлогодней презентации, см. слайды 29 и 30).
Про Far manager читайте в материалах прошлых лет, например https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2018/1/hints3 (там найдите раздел "Связь с сервером kodomo").
Если у вас Windows 10 или Mac
Запустите командную строку на своём компьютере и перейдите в директорию, в которой лежит файл, который надо перебросить на kodomo (либо в которую надо перебросить файл с kodomo).
Все интерпретаторы командной строки понимают команду cd! Научитесь "гулять" по директориям своего компьютера из командной строки.
Далее есть два способа:
Способ 1. В командной строке своего компьютера наберите:
sftp username@kodomo.fbb.msu.ru
(здесь и далее вместо username надо подставлять своё пользовательское имя на kodomo).
Вам предложат ввести пароль, после чего вы попадёте на kodomo в "оболочке" sftp. Там можно выполнять следующие команды:
ls и cd (смотреть содержимое текущей директории и переходить в другую, как в bash);
get <имя файла> — перебросить файл с kodomo на свой компьютер;
put <имя файла> — перебросить файл со своего компьютера на kodomo;
bye — выйти.
Способ 2. В командной строке своего компьютера наберите:
scp username@kodomo.fbb.msu.ru:<полное имя файла на kodomo> .
чтобы перебросить файл с kodomo на свой компьютер (точка в конце после пробела существенна, она обозначает текущую директорию вашего компьютера);
scp <файл на своём компьютере> username@kodomo.fbb.msu.ru:<полное имя папки или файла на kodomo>
чтобы перебросить файл со своего компьютера на kodomo. (Полное имя = имя вместе с путём от корня дерева директорий)
Дальше действуйте по ситуации (вводите пароль, когда просят, и т.п.)
Прочее
Про маски, потоки, перенаправления и grep читайте в презентации, а подробнее — в любом онлайн учебнике по bash/Unix/Linux.
Когда-то я (С.А.С.) подготовил краткое руководство с описанием самого (с моей точки зрения) необходимого, можно воспользоваться им.
Несколько подсказок
Чтобы посчитать число файлов в директории, перенаправьте выход ls на вход wc.
Программа ls в качестве аргумента может принимать директорию, а может — имена файлов через пробел. Не забывайте, что при наличии в командной строке звёздочки (*) bash превратит слово со звёздочкой в подходящие имена файлов, разделённые пробелами (если хоть одно подходящее имя существует).
Программа cat принимает в качестве аргументов имена файлов (в любом количестве) и выдаёт на stdout содержимое всех этих файлов вместе взятых. Этим можно воспользоваться для создания объединённого файла, достаточно перенаправить выход cat в новый файл.
- Чтобы в конкретной ситуации понять, как bash обойдётся со спецсимволами (прежде всего *), полезно использовать команду echo, которая просто выдаёт то, что она получила от bash, на stdout. Будет видно, во что превратилась каждая конкретная звёздочка.