Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Задания практикума 1

К следующему занятию прочитайте в презентации слайды про то, как составляется последовательность цепочки ДНК и как определяется ген и последовательность аминокислотных остатков соответствующего белка.

Будет мини-контрольная (тест) с игрушечными примерами по этим темам.

Обязательные задания

Порядок такой.

Для выполнения ОБЯЗАТЕЛЬНЫХ заданий есть deadline. Даже их два.

Мягкий deadline — обычно неделя до следующего занятия.

Задания, выполненные после мягкого, но до жесткого deadline'а, засчитываются как выполненные, но штрафуются в рейтинге за опоздание.

Жесткий deadline обычно две недели.

Точные дата и время deadline'ов преподаватель указывает в ведомости в колонке "Штраф за опоздание" соответствующего практикума во второй и третьей строках.

Студент, не выполнивший ОБЯЗАТЕЛЬНЫЕ задания до жесткого deadline без уважительной причины, становится должником и рискует тем, что преподаватель отложит проверку до зачётной сессии.

Выполнив все ОБЯЗАТЕЛЬНЫЕ задания, ЗАПИШИТЕСЬ В ОЧЕРЕДЬ НА ПРОВЕРКУ, так как время записи в очередь считается временем выполнения всех обязательных заданий.

1. Активируйте свою учетную запись на сервере kodomo

Активирование включает

• Вход с помощью ssh, putty или аналогичного клиента со своим пользовательским именем и временным паролем
• Смену пароля
• Удачную попытку логина с новым паролем

• Выполнение команды echo 'Hello world!'

• Выход (выполнение команды exit)

Задание выполняется на занятии.

Инструкции содержится в подсказках.

2. Создайте персональную страницу на kodomo/wiki

Описание этого процесса доступно в подсказках.

В итоге у Вас должна получиться страница с адресом: https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/login

login – ваше пользовательское имя

Напишите на странице несколько (одну или более) фраз. Например, представьтесь.

Эта страница доступна для чтения всем. Имейте это в виду.

3. Выберите ОДИН вопрос из списка вопросов и напишите ответ на вопрос в письме преподавателям (см. следующий пункт)

[ Вопросы из лекции ]

Ответ должен содержать не более 60 слов. Т.е. может включать от одного до 60 слов.

4. Напишите письмо преподавателям с почты https://kodomo.fbb.msu.ru/mail/

Почта доступна со страницы https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/ по ссылке в правом меню.

Ваши пользовательское имя (login) и пароль те же, что для входа на kodomo.

Пишите сразу по трём адресам: aba@belozersky.msu.ru, sas@fbb.msu.ru, is_rusinov@fbb.msu.ru

Нас интересует:

• ваш опыт в программировании, если имеется таковой, и в целом ваша компьютерная грамотность;
• уровень владения английским;
• всё, что ещё захотите сообщить о себе;
• ответ на вопрос.

Субъективность самооценок приветствуется :).

Обязательно подпишите письмо (вообще все письма надо подписывать!:) ). Желательно подписать так, как вы хотите, чтобы мы к Вам обращались.

Дополнительные задания

Выполнение дополнительного задания не влияет на зачет темы, но оценивается и оценка включается в ваш рейтинг.

5. Найдите координаты одного гена в геноме SARS-CoV-2

Результат:

• название гена
• координата первого нуклеотида первого кодона гена, т.е. нуклеотида A из старт-кодона ATG
• координата последнего нуклеотида стоп-кодона гена и сам стоп кодон

Координата нуклеотида – это номер буквы в последовательности, счёт начинается с 1.

Файл с геномом – это текстовый файл, лежащий на сервере kodomo. Его полное имя (т.е. имя, включающее путь от корня файловой системы) /P/y20/SARS-CoV-2.fasta

Результат опишите на своей wiki странице, озаглавив его Практикум 1, задание 5.

Инструкции содержится в подсказках