2023
2022
2021
2019
2018
2017
2016
2015
Практикум 4
К следующему занятию необходимо выучить и освоить:
- Команды:
pwd, cd, mkdir, rmdir;
ls (без аргументов и с аргументами; нужно знать опции -R, -1 и еще по крайней мере две, читайте help и пробуйте)
echo, cp, mv, less, cat, rm, wc; опции -w, -m, -l команды wc;
grep (включая опцию -c и использование символов ^ и $)
man, man -k
- Специальные обозначения директорий:
/, .., ., ~
- Что такое абсолютный и относительный пути к файлу или директории
- Перенаправление stdout:
>, >>, |
- Спецсимволы в масках имен файлов:
*, ?, [0-9]
Экранирование спецсимвола (например, \* или кавычками),
- Удобности:
tab и tab tab
- стрелки ↑ и ↓
- копирование с экрана и вставка
- Копирование файлов со своего компьютера на kodomo и обратно.
Задания
0. Подготовка рабочей директории
Зайдите на kodomo по ssh (например, используя Putty). Перейдите в директорию ~/term1/block1, заведите там поддиректорию pr4 и перейдите в неё.
1. Переброска файла на свой компьютер
Посмотрите содержимое директории /P/y20/term1/pr4/images. Найдите там файл, названный вашим пользовательским именем, и скопируйте его в свою рабочую директорию (~/term1/block1/pr4).
Переименуйте его в Xxxx_image.jpeg, вместо Xxxx подставьте вашу фамилию латинскими буквами.
Скопируйте переименованный файл в директорию ~/term1/block1/credits
Скопируйте файл на свой компьютер (см. подсказки)
- Откройте файл на своём компьютере какой-нибудь программой просмотра изображений (например, по ассоциации с расширением jpeg).
На wiki заведите страницу /pr4 (её адрес в браузере должен выглядеть так: https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/xxx/pr4 , где xxx — ваше пользовательское имя) и под заголовком "Задание 1" опишите там, как вы копировали на свой компьютер файл и что вы увидели на открывшейся картинке.
2. Переброска файла со своего компьютера
Положите в директорию ~/term1/block1/credits на kodomo свою фотографию в формате JPEG.
Переименуйте файл с фотографией в Xxxx_photo.jpeg (где опять-таки Xxxx — ваша фамилия).
- (* – не обязательно) На wiki на странице /pr4 напишите что-нибудь про эту фотографию, под заголовком "Задание 2".
Если очень не хочется, чтобы мы знали, как вы выглядите, можно в принципе вместо своей фотографии любое изображение положить (только, разумеется, не то, что из первого задания), на зачёт это не повлияет... но нам бы очень хотелось научиться вас узнавать в лицо :)
3. Работа с масками файлов и перенаправлениями
- На wiki на странице /pr4 под заголовком "Задание 3" напишите:
Сколько файлов на kodomo в папке /P/y20/term1/pr4/files и как вы получили это число
Сколько этих файлов имеют имена, заканчивающиеся на .txt, и как вы получили это число
Создайте в папке ~/term1/block1/credits файл Xxxx_all.fasta, объединяющий содержимое всех файлов из папки /P/y20/term1/pr4/files, чьё имя заканчивается на .fasta. На wiki-странице /pr4 напишите, какой командой вы получили этот файл.
4. Программа grep
Создайте в директории credits файл Xxxx_all.names, состоящий из строк файла Xxxx_all.fasta, начинающихся на знак ">" (это имена последовательностей, описанных в fasta-файле). На wiki-странице /pr4 напишите, какой командой вы получили этот файл.
Для каждого из файлов в директории /P/y20/term1/pr4/files, чьё имя заканчивается на .fasta, определите, сколько в нём строк начинается на ">". На wiki-странице /pr4 приведите результат и напишите, с помощью какой команды вы его получили.
(* – дополнительно). Выберите какой-нибудь файл в директории /P/y08/Term_5/Materials/, чьё имя кончается на .pdb. Определите, сколько в этом файле строк, одновременно начинающихся со слова ATOM и содержащих слово HIS (то и другое — большими буквами). Указание: перенаправьте выход программы grep на вход опять программе grep, но с опцией -c. То, что получится — число тяжёлых атомов (то есть C, N и O) остатков гистидина в структуре белка, описанной в файле. На wiki-странице /pr4 напишите результат и команду.
Перед записью на проверку стоит проверить соответствие формальным требованиям к расположению и именам файлов с помощью команды (работает из любой папки):
~is_rusinov/check_pr4.sh
— ИР