2024
2023
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Пояснения
1. Программа
Использование программы должно быть удобно для пользователей. Следует подумать о том
- все ли требования к входным файла оговорены в инструкции
- удобно ли запускать и перезапускать программу с теми же или отличными входными файлами
- удобно ли использовать выходную таблицу для анализа
2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей разными программами
ручным методом в Jalview (можно использовать сервис [ VerAlign ]. Минимально, следует найти несколько участков совпадения выравниваний и участков несовпадения.
В этом варианте ожидаю сравнения двух пар выравниваний и заключение по ним.
- с помощью программы для сравнения выравниваний. Этот вариант предпочтителен: программа уже есть (Лиза Плешко автор), но требует доработки, чтобы её было удобно использовать. Лизе сообщил какая доработка требуется.
В этом случае получаете таблицу номеров одинаково выровненных колонок. Из этой таблицы легко находятся блоки подряд идущих одинаково выровненных колонок, их положение в выравнивании; также участки, в которых нет одинаково выровненных колонок.
Интерес - в сравнении нескольких пар разных программ по параметрам которые сумеете извлечь из статистических данных. И сделаете вывода о программах - чем их выравнивания отличаются. Подтверждением выводов могут быть визуально проверенные примеры. В описании полезно показать их на рисунках.
Следует сделать ссылку на Jalview проекты со сравниваемыми выравниваниями - чтобы легко было проверять.
3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием MSA
Выбираете семейство Pfam, в котором есть 3D структуры разных белков семейства.
Именно разных белков, а не разных расшифровок одного и того же белка.
Минимум трёх.
Постройте совмещение в пространстве полипептидных цепей сравниваемых структур. При этом C_alpha атомы расположенные рядом считаются выровненными. Таким образом строится выравнивание последовательностей.
Здесь вот какая проблема. В PDB доступно совмещение только пар структур, выдаётся в том числе выравнивание двух последовательностей на основе совмещения. Из выравниваний A с B и A C можно построить выравнивание A, B и C в Jalview.
Также можно построить выравнивание A, B и C одной из программ MSA. Задача - сравнить их и написать выводы.
Парные совмещения в pymol, вроде бы не выдают выравнивания последовательностей.
2 мая Даша Грек мне подсказала. Если в PDB отметить сразу более 2х структур, то в выходном фаста файле будут содержаться одновременно выравнивания A с B и A с C. Это удобно, остаётся подравнять выравнивания AB и AC так, чтобы обе A совпадали. Или сравнивать парные с парными, полученными из множественного.
2 мая искал сервисы для множественного совмещения. Пока не готов написать инструкцию, т.к. найденный мной подходящий сервис - сломался у меня на глазах:
"Warning: the server is under maintenance due to an unexpected hardware issue."
4. Кратко опишите одну из программ MSA
Это задание на работу с литературой. Поиск в google по имени программы - с этим, верю, справитесь)))
Поиск статей в Pubmed - посложнее. Учитесь! Можете спрашивать меня, помогу если смогу.