Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестры Студенты Преподаватели

• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016
• 2015

• ...

Пояснения

1. Программа

Использование программы должно быть удобно для пользователей. Следует подумать о том

• все ли требования к входным файла оговорены в инструкции
• удобно ли запускать и перезапускать программу с теми же или отличными входными файлами
• удобно ли использовать выходную таблицу для анализа

2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей разными программами

• ручным методом в Jalview (можно использовать сервис [ VerAlign ]. Минимально, следует найти несколько участков совпадения выравниваний и участков несовпадения.

В этом варианте ожидаю сравнения двух пар выравниваний и заключение по ним.

• с помощью программы для сравнения выравниваний. Этот вариант предпочтителен.

В этом случае получаете таблицу номеров одинаково выровненных колонок. Из этой таблицы легко находятся блоки подряд идущих одинаково выровненных колонок, их положение в выравнивании; также участки, в которых нет одинаково выровненных колонок.

Интерес - в сравнении нескольких пар разных программ по параметрам которые сумеете извлечь из статистических данных. И сделаете вывод о программах - чем их выравнивания отличаются. Подтверждением выводов могут быть визуально проверенные примеры. В описании полезно показать их на рисунках.

Следует сделать ссылку на Jalview проекты со сравниваемыми выравниваниями - чтобы легко было проверять.

3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием MSA

Выбираете семейство Pfam, в котором есть 3D структуры разных белков семейства.

Именно разных белков, а не разных расшифровок одного и того же белка.

Минимум трёх.

Постройте совмещение в пространстве полипептидных цепей сравниваемых структур. При этом C_alpha атомы расположенные рядом считаются выровненными. Таким образом строится выравнивание последовательностей.

В PDB доступно совмещение только пар структур (Заходим на сайт PDB -> Навигация наверху страницы -> Analyze -> Pairwise Structure Alignment). Можно задать три (A, B, C) или более pdb кодов на вход. Тогда первый белок A считается референсом и строится совмещение A с B и A c С. Выдаётся два выравнивания: B с референсом A и C с референсом A. Из выравниваний A с B и A с C можно построить выравнивание A, B и C в Jalview.

Также можно построить выравнивание A, B и C одной из программ MSA. Задача - сравнить их и написать выводы.

Получить парные совмещения структур можно в pymol с помощью команды align, но эта команда сначала выполняет выравнивание последовательностей, а уже потом делает наложение структур. В этом задании мы советуем использовать программы выравнивания структур, которые не опираются на выравнивания последовательностей.

4. Кратко опишите одну из программ MSA

Это задание на работу с литературой. Поиск в google по имени программы - с этим, верю, справитесь)))

Поиск статей в Pubmed - посложнее. Учитесь! Можете спрашивать меня, помогу если смогу.