Задание. Частично воспроизвести результат работы Mirceta et al., 2013 из лекции МГ
Статья в свободном доступе. Доступна по ссылке
Обозначения
- Mb - Миоглобин.
Mb_max = [Mb]max = [Mb] - миллиграммы Mb на грамм скелетных мускулов, концентрация миоглобина
- t_max – максимальное время задержки дыхания (сек. или мин.)
- Z_Mb – заряд на поверхности миоглобина
Результаты коротко суммированы в разделе Discussion.
Для уменьшения технической работы можно ограничиться выборкой из 9 организмов, по три из каждой категории. Для зачёта достаточно.
1. Отобрать 15 «ныряльщиков» из списка для сравнения категорий
- Пять элитных ныряльщиков b. Пять умеренных ныряльщиков c. Пять мелких ныряльщиков или наземных
[ список c t_max ]
2. Собрать последовательности миоглобина из списка
AC (accession code) в базе данных Uniprot указаны в списке с t_max.
В результате вы должны получить ОДИН текстовый (не word) файл в формате fasta. Он выглядит так
>tr|R9RY82|R9RY82_LEPWE Myoglobin OS=Leptonychotes weddellii OX=9713 GN=Mb PE=2 SV=1 MGLSDGEWHLVLNIWGKVETDLAGHGQEVLIRLFKSHPETLEKFDKFKHLKSEDDMRRSE DLRKHGNTVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSKH PAEFGADTQAAMKKALELFRNDIAAKYKELGFHG >tr|R9RZ98|R9RZ98_EUMJU Myoglobin OS=Eumetopias jubatus OX=34886 GN=Mb PE=2 SV=1 MGLSDGEWQLVLNIWGKVEADLVGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKRSE DLKKHGKTVLTALGGILKKKGHHDAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLQSKH PGDFGADTHAAMKKALELFRNDIAAKYRELGFQG
только последовательностей больше, чем две.
Удобно сохранить AC всех последовательностей (не всё, что в списке - AC, но для поиска годится; в находке AC в первой колонке).
Составить запрос вида
P68082 OR R9RY82 OR R9RZ98 ....
Вместо точек - остальные AC через OR
Результат Download => FASTA uncompressed
Если выбрали зверя без AC, или вообще не из списка то можете попробовать ...
3. Построить выравнивание 15 отобранных последовательностей
Установите редактор выравниваний Jalview, Desktop версия 2_11_1_0 инструкция по Jalview
Позже опишу необходимый минимум в указаниях
Вариант 2. В Uniprot можно выровнять, но нельзя размечать (((
4. Найти позиции выравнивания, выходящие на поверхность
- Выполните задание из лекции 8. В результате получите три PDB файла с миоглобинами.
Для каждого PDB файла определите вклад каждого аминокислотного остатка в поверхность молекулы миоглобина. Используйте сервис Whatif
10 мая
Несколько дней тому назад cайт Whatif перестал выполнять задания с сообщением об ошибке в программе.
Егор Иудин написал администраторам сайта, но это не привело к починке сервиса.
Вот как выполнить задания без сервиса Whatif.
Готовя задание, я сохранил выдачу Whatif для миоглобина лошади, pdb код 2V1E. В таблице на странице mol-acces-sur уже отмечены остатки, выходящие на поверхность, согласно тому, как у меня описано.
На другой странице приведена таблица зарядов из статьи и та же таблица, что приведена в подсказках, - залита зеленым. В ней приведен средний заряд для гистидина для упрощения вычислений.
Добавьте последовательность этого миоглобина к выравниванию. Её можно скачать, например, с сайта PDB для 2V1E.
И считайте что во всех последовательностях остатки выходят на поверхность, если в той же колонке стоят выходящие на поверхность остатки миоглобина лошади. Это очень близко к действительности.
См. указания
5. Посчитать заряд на поверхности для каждого миоглобина
Удобно сначала сделать это для трех миоглобинов с моделью PDB. Используйте таблицу зарядов аминокислотных остатков
Для остальных выравнивании отметьте те позиции , в которых боковая цепь остатка выходит на поверхность, и в которых появилась или исчезла заряженная аминокислота, судя по выравниванию.
6. Проверить корреляцию поверхностного заряда миоглобина и категории ныряльщика
См. подсказки