Геномные браузеры

UCSC genome browser

Таблица 1. Информация о гене белка моноаминоксидазы A в геномном браузере UCSC.
Имя гена MAOA
Идентификатор гена в Gencode ENSG00000189221.9
Цепь +
Хромосома chrX
Плечо и полоса хромосомы p11.3
Число альтернативных транскриптов 2
Gencode ID первого транскрипта ENST00000338702.3
Координаты первого транскрипта hg38 chrX:43,656,219-43,746,821
Число экзонов первого транскрипта 15
Длина последовательности белка первого транскрипта 527
Gencode ID второго транскрипта ENST00000542639.5
Координаты второго транскрипта hg38 chrX:43,654,907-43,746,824
Число экзонов второго транскрипта 16 (кодирующих - 12)
Длина последовательности белка второго транскрипта 394
Изображение не найдено. Вы можете сообщить об этом: daniil.bobrovsky@fbb.msu.ru
Рис. 1. Окрестность гена MAOA из Genome Browser с избранными треками.

Ensembl

Выравнивание генов MAOA человека и шимпанзе было получено в Ensembl, затем с помощью программы infoalign из EMBOSS была получена Таблица 2, из которой следует, что эти гены различаются на 0.95%.
Полногеномные исследования показывают (Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome. Nature, 437(7055), 69–87. doi:10.1038/nature04072), что по всему геному процент различий равен примерно 1.23%. Так что для гена важного белка у MAO-A вполне ожидаемый процент различий.

Таблица 2. Информация о выравнивании генов MAOA человека и шимпанзе.
NameSequence LengthDifference
homo_sapiens_1-92118 91918 0
pan_troglodytes_1-92118 91776 870