Изображение выравниваний


Было дано 6 идентификаторов Uniprot:

  • A0A0C5WMF1_9GAMM
  • E6N8B3_9ARCH
  • G8X5N0_FLACA
  • A6TMY7_ALKMQ
  • U7LDL3_9CORY
  • C5AUG1_METEA


    • Данные последовательности были сохранены в FASTA-файле. На его основе было построено множественное выравнивание в программе Jalview (Web Service - Alignment - Muscle with defaults).

    Последовательность с идентификатором U7LDL3_9CORY сильно отличалась от остальных. После ее удаления количество консервативных участков заметно возросло. Появившиеся при этом пустые колоонки, а также N- и C- концевые участки с многочисленными гэпами были удалены. Полученное после этого выравнивание в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30% вы можете видеть на изображении ниже.





    Изображение выравнивания в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%

    Ссылки:

  • FASTA
  • MSF
  • Проект JalView


    • © Васильева Елена, 2015