Визуализация молекул в JMol
Пероксид-зависимый фермент рубреритрин, Pyrococcus furiosus (PDB ID: 3MPS)
Апплет, расположенный ниже демонстрирует структуру белка рубреритрина. Управление скриптом осуществляется с помощью кнопок, расположенных ниже.
Пероксид-зависимый фермент рубреритрин, Pyrococcus furiosus (PDB ID: 3MPS)
Апплет, расположенный ниже демонстрирует структуру белка рубреритрина. Управление скриптом осуществляется с помощью кнопок, расположенных ниже.
В таблице 1 представленны данные о водородных связях, полученные при помощи JMoll. Анализируя значения углов и длин водородных связей в разных вторичных структурах можно заметить, что в среднем длина равна 3 Å, а угол — 150-155°. Верхний предел длины водородных связей в белках — 3,5 Å. Как известно, водородная связь достигает максимальной силы при угле N—O—C 180°, но из-за влияния других атомов белка оптимальный угол составляет около 155°.
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
|---|---|---|---|
| № | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(118ALA)- O(115LYS) | 3,44Å | 131,8° |
| 2 | N(117HIS)- O(114GLU) | 3,07Å | 127,0° |
| 3 | N(119GLU)- O(115LYS) | 3,88Å | 150,1° |
| 4 | N(122ARG)- O(118ALA) | 2,88Å | 152,3° |
| 5 | N(121TYR)- O(117HIS) | 2,9Å | 163,1° |
| 6 | N(123LYS)- O(119GLU) | 3,06Å | 155,6° |
| 7 | N(120LEU)- O(116ILEU) | 2,86Å | 163,8° |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(168VAL)- O(141ILE) | 2,74Å | 147,5° |
| 2 | N(141ILE)- O(168VAL) | 2,78Å | 153,1° |
| 3 | N(170PHE)- O(139VAL) | 2,71Å | 157,8° |
| 3 | N(139VAL)- O(170PHE) | 2,79Å | 149,0° |
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
© Васильева Елена, 2015