Скрипт 1-2: Пероксид-зависимый фермент рубреритрин, Pyrococcus furiosus (PDB ID: 3MPS)
Скрипт 3-4: Фактор роста нервов (Non-helical DNA Triplex Forms a Unique Aptamer Scaffold for High Affinity Recognition of Nerve Growth Factor, PDB ID: 4ZBN)
Текст скрипта 1| Текст скрипта 2 | Текст скрипта 3| Текст скрипта 4
Одной из сил, поддерживающих третичную структуру белка являются гидрофобные взаимодействия. Причина их возникновения — стремление полипептидной цепи принять энергетически выгодную форму, характеризующуюся минимумом свободной энергии. Это достигается путем уменьшения площади контакта неполярных групп с полярными и с растворителем(водой) — их проникновением внутрь молекулы. Таким образом, гиброфобное ядро вносит существенный вклад в стабильность глобулы многих белков
Гидрофобные группы белка рубреритрина были найдены при помощи сервиса CluD [1]. В исследуемом белке присутствуют 2 крупных гидрофобных ядра, содержащие 1587 и 1482 атома соответственно. Это составляет 27,19% от общего числа атомов.
Атомы, которые почти полностью покрывают поверхность остатка phe60:a расположены на расстоянии 6-7 Å. Характерное расстояние между соседними не связанными ковалентно атомами в белке — 4 Å. Теоретически, между некоторыми соседними атомами (например, между двумя атомами N, ван-дер-ваальсовых радиус которого составляет 1,54 Å) могла бы поместиться молекула воды: 1,54*2+2,8=5,88. Ведь несмотря на характерное расстояние, равное 4 Å, есть атомы, расстояние между которыми составляет 6-7 Å. Однако в действительности межмолекулярные силы помешали бы этому.
Многие белки взаимодействуют с ДНК, образуя так называемые ДНК-белковые комплексы. К ним относятся транскрипционные факторы, которые регулируют процесс транскрипции; полимеразы, катализирующие синтез молекулы ДНК в основном путём комплементарного копирования родительских цепей ДНК; нуклеазы, катализирующие расщепление межнуклеотидных связей в нуклеиновых кислотах; гистоны, которые играют ключевую роль в в упаковке нитей ДНК в ядре и в эпигенетической регуляции таких ядерных процессов, как транскрипция, репликация и репарация[2].
Исследуемый ДНК-белковый комплекс относится к фактору роста нервов. Это небольшой секретируемый белок, поддерживающий жизнеспособность нейронов, стимулирующий их развитие и активность [3].
В апплете представлен фрагмент белка, контактирующего с ДНК.
1. http://mouse.belozersky.msu.ru/npidb/cgi-bin/hftri.pl
© Васильева Елена, 2015