Занятие 3

Укоренение в среднюю точку

По выравниванию белков RSMH(16S рРНК-метилтрансфераза H) отобранных на этом занятии в JalView было построено дерево методом Neighbor-Joining using % identity. С помощью программы retree пакета PHYLIP это дерево было укоренено в среднюю точку. Изображение укоренённого дерева, сделанное программой MEGA, представлено на рис.1.

Рис.1 Изображение дерева,полученного методом Neighbor-Joining using % identity (укоренено в среднюю точку)

Как видно из рис. 1, корень у полученного дерева исходит из ветви {CLOBA, FINM2} против {STRP1, GEOKA, LISMO, STAAR, STAES}. Это укоренение совпадает с тем, что имеется в исходном (ссылка) дереве.



© Васильева Елена, 2015