Построение профиля выравнивания
Из выравнивания, полученного в pr11 было извлечено подсемейство, представленное на рис.1. (ссылка: pr12_1.fasta). С помоью программ hmm2build и hmm2calibrate был построен профиль и осуществлена его калибровка. По откалиброванному профилю проводился поиск доменов по всем белкам из Uniprot, содержащих данный домен.
 |
| Рис. 1. Изображение клады дерева, выбранной в качестве подсемейства |
Полученные результаты были перенесены в таблицу Excel. Среди находок в отдельном столбце были отмечены представительи подсемейства. На основе полученных данных была построена ROC-кривая. Она представлена на рис.2. Расчеты чувствительности и специфичности, необходимые для построения ROC-кривой, а также исходные данные доступны по ссылке: pr12.xlsx .
 |
| Рис. 2.ROC-кривая |
По ROC-кривой было определено пороговое значение E-value. по нему можно судить о вхождении последовательности в подсемейство. E-value порога = 4,8E-35. При этом пороге значения чувствительности и специфичности максимальны (1 и 0,999). Характеристика HMM-профиля с выбранным порогом E-value приведена в Таблице 1.
Таблица 1.Характеристика HMM-профиля с порогом E-value 4,8E-35
| Принадлежит подсемейтсву | Не принадлежит | Сумма | |
| Выше порога | 9 | 84 | 93 |
| Ниже порога | 1 | 3600 | 3601 |
| Сумма | 10 | 3684 | 3694 |
По табл.1 можно сделать вывод о том что чувствительность профиля при данном пороге довольно высокая. 9 последоательностей из 10 оказались выше порога. Вместе с тем количество последовательностей, определенных как принадлежащие семейтсву, но на самом деле нет - довольно мало, учитывая общее количество последовательностей. Поэтому можно считать, что с помощью данного профиля можно определять принадлежность к подсемейству.
© Васильева Елена, 2015