Anna Zheltova
Seventh term (Седьмой семестр):
Electron density in PyMol (Электронная плотность в PyMol)
Crystal recovery in PyMol (Восстановление кристалла в PyMol)
Expansion of a function in a Fourier series (Разложение функции в ряд Фурье)
Analysis of the NMR file (Анализ ЯМР-файла)
Definition of the secondary structure (Определение вторичной структуры)
Locating hydrophobic clusters (Нахождение гидрофобных кластеров)
Surface construction and analysis in PyMOL (Построение и анализ поверхностей в PyMOL)
Нахождение гидрофобных кластеров в структуре белка
Была выбрана структура 1DUP. Для поиска гидрофобных кластеров использовали CluD.
Изменяли параметры: порог расстояния и порог размера кластера, чтобы получить лучше интерпретируемый результат.
В начале при пороге дистанции (в пределах которой атомы объединяются в один кластер) 5.4А и параметром не показывать кластеры менее трех атомов было найдено 6 кластеров. 3 кластера состоят менее чем из 5 атомов. 2 кластера состоят из 6 атомов, а один кластер состоит из 227 атомов.
При изменении порога дистанции до 5 ангстрем было найдено 8 кластеров.
Уменьшение порога дистанции приводит к тому, что крупные кластеры распадаются на более мелкие.
Наоборот, увеличение порога дистанции приводит к объединению маленких кластеров в большие (порог 6 ангстрем).
При варьировании условий гидрофобные кластеры покрывают всю поверхность белка.
Наиболее оптимальными, на мой взгляд являются исходные параметры.
Согласно данным САTН, данный белок состоит из одного домена. Самый болшой гидрофобный кластер занимает все ядро домена белка.
Как уже было упомянуто, при уменьшении параметров гидрофобные уменьшаются, при этом все же покрывают всю поверхность белка.
Гидрофобные кластеры в структуре комплекса белка с ДНК
Были найдены гидрофобные кластеры в структуре 1TGH (TATA BINDING PROTEIN (TBP)/DNA COMPLEX).
При запуске с исходными параметрами 5.4А и >3 атома было найдено 5 кластеров, принадлежащих белку. Один кластер ( 1 core) принадлежит ДНК. При варьировании параметров до 6А - кластер ДНК объединяется с кластером белка в один, что не является верным. При уменьшении порога большие кластеры разделяются на более маленькие, при этом не удалось добиться хорошего разделения кластера, принадлежащего ДНК. Таким образом, оптимальным является запуск с исходными параметрами.
Таким образом, белок содержит гидрофобные кластеры для взаимодействия с ДНК.
Были найдены гидрофобные кластеры в структуре 4JBM (Structure of murine DNA binding protein bound with ds DNA). При запуске параметрами 5.4А и >5 атомов было найдено 9 кластеров, принадлежащих белку, два кластера (22 и 3) принадлежат ДНК (при исходных настройках число найденных кластеров = 22).
Полученный результат подтверждает,что белок содержит гидрофобные кластеры для взаимодействия с ДНК.