Учебный сайт Смирновой Виктории

Молекулярное моделирование.

1. Введение в PyMOL.
2. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac.
3. Ab initio вычисления для нафталина и азулена.
4. Вычисление параметров для молекулярной механики.
5. Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики.
6. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS.
7. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS и ее анализ.
8. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом.
9. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка.