2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 1
Отчёт пишите в Word-файле с названием Xxxxxx_skills, где Xxxxx – ваша фамилия латинскими буквами, который положите в директорию H:\Term7\Credits.
Вспоминаем/изучаем PyMol
См. подсказки для набора 2007; ну и "официальный" help: http://pymol.sourceforge.net/newman/user/toc.html.
Запустите PyMol и откройте файл с записью PDB 1JGG. Покрасьте две цепи белка в разные цвета, ДНК – третьим цветом. Сохраните картинку и вставьте её в отчёт.
Определите цепь белка, находящуюся "на краю" двойной спирали ДНК. Восстановите соседние с этой цепью кристаллографические ячейки (команда symexp, см. подсказку http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term5/help4.html ). Найдите и опишите в кратком отчёте водородные связи этой цепи с ДНК из соседней ячейки.
Найдите кристаллографические характеристики "своей" записи PDB, для этого откройте файл PDB в редакторе и найдите строку CRYST1. Внесите в таблицу против своей фамилии PDB-код, длины направляющих векторов кристалла, углы между ними, кристаллографическую группу и число молекул в ячейке.
- Опишите какие-нибудь контакты между молекулами из разных ячеек в своей записи PDB.
Восстановление функции по коэффициентам её ряда Фурье
Задание на 16 окт.
Пишите, если есть вопросы. ААл.
- Исследовать качество восстановления функции в зависимости от того, какие и сколько гармоник ряда Фурье используются для ее восстановления.
Как анализировать результат восстановления функции. План выполнения задания
Порядок действий для расчета коэффициентов Фурье и восстановления функции
Творческий подход приветствуется и оценивается