Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Практикум 2. Подсказки

В компьютерном классе Far Manager v3.0 уже установлен: <Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Far> -> <Far Manager 3>. На домашний компьютер Far Manager v3.0 можно скачать с официального сайта из раздела загрузить (Far Manager v3.0 build 3525 x86, msi).

Программу WinSCP использовать в компьютерном классе не имеет смысла. О том, как скачать и настроить ее на домашнем компьютере, написано ниже.


  1. Как настроить Far Manager:

    • Создание ярлыка.

      • Откройте "Мой компьютер": "Start" -> "My Computer".

      • Перейдите в директорию, куда установлен Far Manager: "Local Disk (D:)" -> "Base" -> "Far".

      • Найдите глазами файл "Far.exe" с синей иконкой; кликните по нему правой кнопкой мыши, выберите "Create Shortcut".

      • Появится диалоговое окно, в котором говорится, что невозможно создать ярлык в данной папке и предлагается сделать ярлык на рабочем столе. Согласитесь: кликните "Yes".

      • Закройте окно с папкой "Far". Сверните все окна, чтобы оказаться на рабочем столе.

      • Найдите глазами ярлык "Shortcut to Far.exe"; кликните по нему правой кнопкой мыши, выберите "Rename".

      • Оставьте только "Far", нажмите <Enter>.

    • Настройки окна Far. Внимание! Эти настройки сохраняются для конкретного ярлыка, с помощью которого запущено данное окно программы Far!

      • Запустите Far с помощью созданного ярлыка и переместите указатель мышки на верхнюю (синюю) полоску окна Far, щелкните правой кнопкой мыши; в появившемся меню выберите "Properties".

      • Для изменения размера окна перейдите на вкладку "Layout". Попробуйте сделать ширину окна равной 100 символам, а высоту - 55. Это сделает окно Far примерно в половину экрана. Следите за тем, чтобы "Screen Buffer Size" был равен "Window Size", иначе будет неудобно работать!

      • Для изменения шрифта перейдите на вкладку "Font".

      • Сохраните изменения! При сохранении выберите нужное, внимательно прочитав предлагаемые возможности!

    • После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

    • Директории. <Alt+F1> и <Alt+F2> для выбора диска в левой или правой панели, соответственно. Далее – по дереву директорий.

    • Панели. В окне Far: <F9> -> "Left" (или "Right") и пробуйте. Запомните команду быстрого перехода к нужному виду.

    • Относительная ширина панелей. <Ctrl+Left>, <Ctrl+Up> или другие стрелки. Полезно при прочтении длинных имен файлов.

    • Быстрый переход в директорию.

      • Настройка: в активной панели – нужная директория (и курсор). <левый_Ctrl+Shift+k>, где k – одна из клавиш цифр 1,2,...,9.

      • Переход: <правый_Ctrl+k>.

    • Сохранение настроек. <F9> -> "Options" -> "Save setup".

  2. Как создать директорию: <F7>. Подробности в обновленной инструкции по Far.

  3. Инструкции:

    • Как скопировать файл: см. подсказки к практикуму 1

      • Найдите файл (сочетание клавиш <Alt+F7>)

      • Скопируйте его в свою директорию (<F5>)

    • Как найти нужное место в файле:

      • Откройте для редактирования интересующий Вас файл в редакторе Far'а (<F4>)

      • Откройте диалоговое окно поиска (<F7>)

      • Введите искомую строку (в данном случае "SQ   Sequence" без кавычек)

      • Нажмите <Enter>

  4. Инструкции:

    • Как создать текстовый файл: см. инструкцию к Far Manager

    • Имя файла без расширения - это набор символов до последней точки (не включительно), если она есть. Если ее нет, то весь набор символов целиком. Например, для файла P:/y13/term1/block1/pr2/files/HM777023_example.tmp.gbk:

      • Имя файла: HM777023_example.tmp.gbk

      • Имя файла без расширения: HM777023_example.tmp

      • Расширение файла: gbk

      • Полное имя файла (с путем): P:/y13/term1/block1/pr2/files/HM777023_example.tmp.gbk

    • Формат fasta.

      1. Первая строка: ">sequence_name sequence description"

        • Знак ">" – признак начала информации о последовательности

        • "sequence_name" - идентификатор последовательности - все символы между ">" и первым пробелом

        • Символ пробела (может не быть, если нет описания последовательности)
        • "sequence description" – описание последовательности в свободной форме (его может и не быть)

      2. Следующие строки до конца файла или до строки, начинающейся с ">" – сама последовательность; символы конца строки, табуляции, пробелы и цифры игнорируются. Большие и маленькие буквы не различаются.

      3. Пример:

        • >y028_bacsu putative protein
          MTTCFPRTYYYR
          kRppppKLAAAA
          AAAPPTRRKKLL
          KKLA

  5. Как создать файл протокола: см. подсказки к практикуму 1. Обязательно учитывайте требования к написанию протоколов!

  6. Что необходимо отразить в характеристиках компьютера:

  1. Фотографию лучше вставлять не в самом высоком качестве. Но она должна быть достаточно крупной и четкой, чтобы можно было увидеть все необходимое.

  2. WinSCP:

    • Программу WinSCP можно скачать с официального сайта.

    • На том же сайте ниже есть раздел WinSCP as FAR Plugin, где можно скачать WinSCP-плагин для FAR Manager. Этот плагин позволяет расширить функционал Far Manager, а именно добавить в него возможность подключению к удаленному серверу по протоколу scp. Вам это может понадобиться для работы с Вашими файлами на сервере kodomo удаленно (например, из дома).

      • При установке этого дополнения (плагина) необходимо указать путь к поддиректории Plugins\WinSCP в директории, куда установлен сам Far Manager, например, C:\Program Files\Far\Plugins\WinSCP.

      • Чтобы настроить установленный плагин WinSCP для Far на работы с сервером kodomo необходимо:

        • В Far <Alt+F2>, выберите "Winscp".

        • <Shift+F4> – откроется меню.

        • Впишите имя компьютера (Host name): kodomo.fbb.msu.ru.

        • Впишите Ваше пользовательское имя (User name): то самое, которое Вы используете для входа в свой профиль на компьютерах компьютерного класса и на сайте kodomo.
        • Пароль (Password) можно вписать, а можно и не вписывать (тогда вводить его каждый раз при подключении).

        • Нажмите "OK" и укажите имя для сохраняемой записи (например, <username>@kodomo, где <username> - Ваше пользовательское имя).

        • После этого опять <Alt+F2>, выберите WinSCP, и, встав курсором на нужную строчку, нажать <Enter>

        • Далее – копирование как обычно в Far'е.