Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Практикум 2. Задания

Группа, у которой это занятие прошло 13 сентября, должна выложить результаты выполнения практикума в папку зачетных заданий до 23:59 19 сентября, а группа, у которой занятие 14 сентября, - до 23:59 20 сентября.

Обязательные задания

Не забывайте смотреть подсказки к заданию, и не стесняйтесь спрашивать любого из преподавателей, если что-то не получается!

  1. Настройте Far Manager для удобной работы.

    • Вынесите на рабочий стол ярлык для Far Manager.
    • Измените следующие настройки:
      • размер окна Far Manager и размер шрифта;
      • После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

      • начальные директории (одна – H:; другая – P:/y13/term1/block1);

      • вид панелей (имя файла, расширение, размер, дата и время создания);
      • относительную ширину панелей.
    • Назначьте сочетания клавиш <правый_Ctrl+1> и <правый_Ctrl+2> для быстрого перехода в поддиректорию block1 Вашей домашней директории (диск H: на компьютере в классе) и директорию block1 на диске P:, соответственно.

    • Сохраните настройки. Проверьте, что настройки сохраняются при закрытии и открытии Far Manager!
    • Позовите преподавателя и продемонстрируйте результат.
  2. Создайте дерево директорий для текущего практикума (pr2) в своей домашней директории средствами Far Manager.

  3. Скопируйте файл генома вируса из папки P:/y13/term1/block1/pr2/files/ по выданному Вам названию файла. В скопированном файле генома вируса найдите раздел, в котором содержится последовательность нуклеотидов этого генома.

  4. Создайте текстовый файл в fasta-формате (<Familiya>_<FileName>.fasta) с последовательностью этого генома и положите его в свою рабочую директорию текущего занятия (pr2). <FileName> - это имя скопированного файла генома без расширения. Также скопируйте этот файл в директорию зачетных заданий!

    • (*) Описание последовательности попробуйте найти в исходном, скачанном Вами файле.
  5. В рабочей директории создайте файл протокола Вашей работы на этом занятии. Все Ваши протоколы должны отвечать некоторым требованиям.

    • Запишите дату, тему занятия.
    • Запишите заданное Вам (в таблице) имя файла.
    • Внесите в протокол число нуклеотидов в последовательности ДНК из файла с геномом и опишите, как Вы его определили.
    • Дополнительное задание. (*) Опишите, что Вы смогли узнать о содержании файла, не считая последовательности нуклеотидов.
  6. Опишите модель и конфигурацию (характеристики) Вашего персонального (домашнего) компьютера.
  7. Вставьте в протокол фотографию Вашего компьютера.
  8. Загрузите финальную версию протокола занятия в рабочую директорию и директорию зачетных заданий.

Дополнительные задания

  1. * Предложите разумный вариант обновления (апгрейда) Вашего персонального компьютера.