Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Экзамен

Экзамен включает две темы.

Критерии оценки

Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.

В диплом пойдет оценка за геномику (след. семестр), в которой будут учтены оценки за алгоритмы и 3D

Биоинформатика 3D

Оценка за 3D выставляется при зачтенных отчете о валидации структуры (нужен текст) и всех "умениях" 1-7, 9-10

Оценка равна среднему арифметическому трех оценок: за РСА, за журнальный клуб, за ответ на экзамене. Выставляется с точностью до десятых.

Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают дополнительно билет из коллоквиума по РСА. В экзамен идет последняя оценка.

Часть II. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад, оппонирование и активность. Если доклада и/или оппонирования не было, то получить ее на экзамене невозможно.

Часть III: Ответ на экзамене

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.

Каждый билет будет включать по вопросу из лекций и из журнального клуба.

Вопросы из лекций

  1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.

  2. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (k,l)-разрезов.

  3. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
  4. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
  5. Поверхность макромолекулы.
  6. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера
  7. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold или CE. Меры качества выравнивания в алгоритмах PDBeFold и DALI.
  8. Постановка задачи гибкого пространственного выравнивания.
  9. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.

Презентации лекций

Вопросы из журнального клуба

25 дек. 2018. В процессе .... ААл

Презентации студентов-докладчиков и статьи см. на диске Р/Jclub-3d/... Тех, кто не прислал свои презентации, прошу это сделать срочно! Назвать презентацию надо так: <тема (коротко!)>_<авторы(-ы)> — все латинскими буквами без пробелов. ААл

  1. FoldIt (что это такое, целевая функция, пример(-ы) использования в науке)

  2. Rosetta (что это такое, основная идея моделирования, успехи и применения)
  3. CASP (что это такое, цели, успехи;
  4. Как измерять соответствие модели и оригинальной РСА структуры: RMSD и CAD-score;

  5. CryoEM (основы технологии, разрешение – отличие от РСА, пример расшифровки, сравнение с РСА: преимущества и недостатки)

  6. Белки без постоянной структуры (что это такое, распространение, особенности функционирования, ....)
  7. Эволюция укладок. Примеры (циклические перестановки: как происходят, при каком условии на структуру возможны; возможно ли изменение укладки белка при небольшом числе точечных мутаций последовательности, ...).

  8. Моделирование белков (моделирование de novo – возможно ли?, моделирование ферментов, ...)

  9. Предсказание вторичной структуры по последовательности: примеры программ, точность предсказания.

Дополнительно.

В процессе

К вопросам 3–4 см. также презентацию P.E.Bourne.

На всякий случай выкладываю ещё презентации прошлых лет:
Структурные единицы
Пространственное выравнивание и совмещение