2024
2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016
Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
- Пакет программ Gromacs предоставляет много инструментов для анализа траекторий и свойств динамики. Суть любого анализа сводится к пониманию специфики поведения конкретной системы.
- Результаты анализа выдаваемые GROMACS имеют расширение xvg ( программа GRACE), но формат самих файлов текстовой, так что построение графиков можно делать в gnuplot,excel. Для gnuplot надо задать:
set datafile commentschars "#@&"
- Часто в файлах есть более, чем два столбца построение первых двух столбцов в gnuplot тогда будет:
1 plot "file.xvg" using 1:2 with lines
Предлагаю называть результаты анализа согласно общему шаблону:
Tool_system_param, где
Tool- это название программы которой проводили анализ
sytem- это либо b (бислой) либо dna (ДНК).
param- это некое дополнительное описание.
Пример : g_rmsd_dna_1 - Внимание ! Опции программы анализа вы можете узнать, набрав: имя_программы –h
Для любой работы в отчёт надо занести:
- Силовое поле используемое при построении топологии топологии.
- Заряд системы. Причины этого значения.
- Размер и форму ячейки.
- Минимизация энергии:
- Алгоритм минимизации энергии.
- Алгоритм расчёта электростатики и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.
- Модель, которой описывался растворитель
- Утряска растворителя:
- Для биополимеров, укажите параметр который обуславливает неподвижность биополимера.
- Число шагов.
- Длина шага.
- Алгоритм расчёта электростатики и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.
- Алгоритмы термостата и баростата.
- Основной расчёт МД:
- Время моделирования, количество процессоров, эффективность масштабирования.
- Если моделирование окончилось с ошибкой, указать ошибку и вероятную причину.
- Длину траектории
- Число шагов.
- Длина шага.
- Алгоритм интегратора.
- Алгоритм расчёта электростатики и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.
- Алгоритмы термостата и баростата.