Практикум по биоинформатике для студентов первого курса магистратуры кафедры вирусологии

Выберите любой вирусный белок, у которого есть гомолог с известной пространственной структурой. Условия: структура самого белка неизвестна, процент идентичности с гомологом из PDB не менее 40%. Используйте BLAST по банку PDB.
Найдите несколько (5--10) гомологов этого белка у других вирусов. Выбирайте гомологов с процентом совпадающих остатков 30%--50%.
Постройте выравнивание белка и его гомологов, включая тот гомолог, для которого есть структура.
Выберите 5 консервативных позиций в выравнивании и выделите их в структуре средствами Jmol.
Для объяснения причин консервативности исследуйте контакты выбранных остатков с другими остатками или лигандами.

Результат должен включать:

информацию об исходном белке: описание, название вируса, Uniprot AC;
выравнивание в формате JalView с отмеченными позициями;
скрипт для Jmol, который выделяет на выбранной структуре консервативные остатки;
протокол, в котором должны содержаться:
- информация о том, как называются белки, из каких вирусов эти белки, их идентификаторы в БД последовательностей;
- PDB код 3D-структуры, к какому белку какого вируса она относится;
- рисунок, полученный из структуры средствами Jmol, с выделенными консервативными остатками;
- предположение о том, почему остатки консервативны. Кроме структуры, можно использовать данные из литературы и из аннотаций записи с последовательностью белка. Указать источник обязательно.

Предостережения.

Будьте внимательны при установлении соответствия между буквами в последовательности и остатками в структуре!
Консервативные позиции выравнивания надо выбирать так, чтобы соответствующие остатки были представлены в структуре!

Вопросы по заданию и методам его выполнения можно будет задать после занятия.

Kodomo