Задание 1
Для выполнения данного задания я выбрала следующие организмы: бактерии Rickettsia rickettsii и Rickettsia prowazekii
Ссылки на геномы:
При помощи blast2seq была получена карта локального сходства, представленная на рисунке 1
Рисунок 1 Карта сходства хромосом. Координаты генома Rickettsia rickettsii откладываются по оси X, Rickettsia prowazekii - по оси Y.
Голубой рамочкой обведён участок с координатами 630-760K (по хромосоме Rickettsia rickettsii).
На мой взгляд, здесь произошла транслокация: поменялись местами первый и второй фрагменты хромосомы с третьим фрагментом
Так же при помощи blast2seq я строила выравнивание данных геномов. Они, как оказалось, имеют приемлемое сходство - 92%
Задание 2
При выполнении задания я использовала NGP-explorer (чтобы построить нуклеотидный пангеном)
В качестве материала я использовала 4 штамма бактерии Rickettsia rickettsii. Файл с информацией о последовательности геномных ДНК
Рисунок 2 Использованные команды
Далее используем следующие файлы
Описание g-блоков и их перестановок
После анализа файла blocks.gbi было выяснено, что в хромосоме каждого штамма содержится только один глобальный блок g4x1269809
Он состоит из 4 фрагментов и содержит в выравнивании 1269809 позиций
В хромосоме каждого из штаммов он расположен на прямой цепи
Описание s-блоков
Число стабильных блоков - 108
Каждый s-блок состоит из 4 фрагментов
Суммарная длина 1240151 (98.39%)
Консервативных позиций при выравнивании s-блоков 0.999
Описание r-блоков
pangenome.gi - используем для описания блоков с повторами
Наиболее встречающиеся блоки:
В хромосоме штамма Arizona присутствует 1 раз, Iowa - 3, в штаммах Morgan и R - по 6
2 раза встречается в хромосоме штамма Arizona, 6 раз в штамме Iowa, по 7 раз в штаммах Morgan и R
Описание h- блоков
У штаммов Iowa и Morgan присутствуют 7 полустабильных блоков
У Iowa - 6, у R - всего один (h3x115)
Рассмотрим участок h3x115. Данный участок длиной 115 содержится во всех штаммах, кроме Arizona. Следовательно, можно предположить, что у данного штамма произошла делеция данного участка хромосомы.
Это подтверждает визуализатор qnpge
Рисунок 3
На данном участке располагается фрагмент одного генa в штамме Iowa. Он кодирует гипотетический белок.
Описание u-блоков
Уникальных последовательностей, у которых нет гомологов среди всех генов, кроме себя, найдено не было.
Это можно объяснить тем, что все четыре генома имеют очень значительное сходство и просто не имеют таких u-блоков.
Примеры расхождений между аннотациями генов из одного блока.
Приведу в качестве примера блок блока h3x806
В нём в штамме Arizona аннотирован ген 3-гидроксиацил-КоА дегидрогиназы, ген гипотетического белка аннотирован в штамме Iowa, а в штамме Morgan данный участок не признаётся за ген.
Рисунок 3
Ссылки
© Козлова Анастасия, 2015