Задание 1
При помощи пакета velvet были собраны из всех чтений (out.fastq), прошедших очистку, контиги без использования референса.
Длина k-мера = 31.
Рисунок 1
Далее была проведена сборка полученных контигов
Рисунок 2 Фрагмент выполнения команды
В результате был получен файл с контигами
Рисунок 3 Результат работы velvetg
N50 = 315
Размер самого длинного контига = 1333
Задание 2
Пользуясь программой blastn (алгоритм megablast), проведём сравнение получившихся контигов с последовательностью хромосомы.
Рисунок 4 Результат работы программы
После чего был проведен blastn для всех контигов
Рисунок 5 Использованная программа
В прикрепленном файле общая выдача программы, а так же список контигов, которые единственным образом картируются на хромосому
Количество контингов, которые единственным образом картируются на хромосому: 74
Ссылки
© Козлова Анастасия, 2015