Седьмой семестр

Первый практикум был посвящен визуализации электронной плотности в PyMol.
В следующем практикуме по PDB-файлу была восстановлена структура кристалла белка и проанализированы взаимодействия между белками из разных асимметрических единиц.
Третий практикум заключался в разложении смоделированной функции электронной плотности в ряд Фурье и определении разрешения набора гармоник ряда Фурье (в том числе для случаев, когда набор гармоник неполный).
Четвертый практикум был посвящен анализу файла структурных факторов, пятый практикум - поиску по PDB
Помимо методов РСА для получения трехмерной структуры белка используется и метод ЯМР. В шестом практикуме было изучено, как соотносятся структуры белков, построенных этими двумя методами.
Также в этом семестре мы изучали алгоритмы, используемые в структурной биологии, на примере задач предсказания элементов вторичной структуры, поиска гидрофобных кластеров и совмещения структур.

Отчет по валидации структуры УДФ-N-ацетилглюкозамин ацилтрансферазы (lpxA) доступен по ссылке: pdf