Учебный сайт Николаевой Дарьи

Страница седьмого семестра

1. Электронная плотность в PyMol
   • Практикум №1: работа с электронной плотностью в PyMol. При выполнении данного задания мы познакомились с визуализацией результата РС-эксперимента - электронной плотностью.
2. Восстановление кристалла из PDB файла
   • Практикум №2: восстановление кристалла из PDB файла. Знакомство с асимметрической единицей структуры и ее соседями.
3. Восстановление функции электронной плотности
   • Практикум №3: восстановление функции электронной плотности. Исследование влияния количества гармоник и шума в данных на качество восстановления.
4. Анализ ЯМР-файла
   • Практикум №4: cравнение структур, расшифрованных с помощью РСА и ЯМР. В этом задании на примере характеристик водородных связей было произведено сравнение структур, расшифрованных методами РСА и ЯМР.
5. Отчет по валидации
   • Отчет по валидации структуры белка вирусной флавин-зависимой тимидилатсинтазы Thyx (PDB ID: 2CFA) методом рентгеноструктурного анализа
6. Разметка вторичной структуры
   • Практикум №5: определение вторичной структуры белка вирусной флавин-зависимой тимидилатсинтазы Thyx (PDB ID: 2CFA). Отличаются ли разметки вторичной структуры, полученные с помощью сервисов DSSP и Stride, от разметки в PDB-файле?
7. Поиск гидрофобных кластеров
   • Практикум №6: нахождение гидрофобных кластеров в структуре белка и на интерфейсе двух цепей с помощью сервиса CluD.
8. Построение и анализ поверхностей в PyMOL
   • Практикум №7: работа с поверхностью шаперона триггер-фактора (PDB ID: 5OWI). Анализ площадей молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя, а также поверхности межцепочечных контактов.
9. Совмещение структур
   • Практикум №8: совмещение структур.