Учебный сайт Фроловой Анастасии
Семестр 7. Биоинформатика в 3D.
Поиск гидрофобных кластеров в структуре белка 4ep4 проводился при помощи сервиса CluD. Данный белок является резолвазой и представляет собой гомодимер (рис.1).
Рисунок 1. Структура белка 4ep4.
Для начала, были найдены гидрофобные кластеры с порогом на расстояние по умолчанию (5,4 Å) и числом атомов в кластере не менее 3х. Сервис нашел 13 разных кластеров. Только два из них довольно большие и состоят из 495 (оранжевый) и 138 (синий) атомов (рис.2, слева). Остальные кластеры имеют от 3 до 16 атомов. Интересно, что такой большой гидрофобный кластер из 495 атомов захватывает практически полностью два гомодимера белка, а не один.
Рисунок 2. Гидрофобные кластеры с порогом 5,4 Å. Два основных кластера (слева)и остальные более мелкие кластеры (справа).
Если задать порог более 5,4 Å, например, 6 Å, то сервис выдает уже только 4 кластера (рисунок 3). Крупный кластер из 761 атома (оранжевый) представляет собой два крупных кластера, которые были получены при пороге в 5,4 Å (рис.2, слева).
Рисунок 3. Гидрофобные кластеры с порогом 6 Å.
При пороге в 4,5 Å крупные кластеры разбиваются на более мелкие (рис.4) и в итоге было получено 22 гидрофобных кластера. Как видно, один большой кластер, который был получен с порогом в 5,4 Å разбился на два кластера с количеством атомов более 90 (оранжевый и синий), а так же на другие поменьше. Большой кластер все так же захватывает два гомодимера белка, но сосредоточен он уже между ними.
Рисунок 4. Гидрофобные кластеры с порогом 4,5 Å. Три крупных кластера (слева) и оставшиеся (справа).
Комплекс ДНК-белок с PDB ID 3MLN имеет 24 гидрофобных кластера при пороге 5,4 Å (рис.5, справа). Как видно, самый большой гидрофобный кластер захватывает ДНК и белок.
Рисунок 5. Комплекс ДНК и белка 3MLN (слева) и его основные гидрофобные кластеры (справа) с порогом 5,4 Å.
При уменьшении порога до 5 Å гидрофобные кластеры четко разделяются по доменам белка и ДНК (рис.6,слева). А при пороге 4,5 Å можно увидеть кластеры, которые расположены на границах между ДНК и белком (рис.6, справа).
