Учебный сайт Фроловой Анастасии
Семестр 7. Биоинформатика в 3D.
Анализ поверхности был проведен для комплексной структуры FGF-1-C2A, которая является ключевым компонентом в неклассическом пути развития фибробластов. Комплекс состоит из синаптотагмина 1 и фактора роста 1.PDB ID комплекса 2K4A. Данная структура получена методом ЯМР и содержит 20 моделей.
Рисунок 1. Структура и поверхность 2k4a, где зеленым цветом обозначен синаптотагмин 1, а бирюзовым - FGF-1.
Необходимо вычислить значения площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя. Вычисление поверхностей различается только командой выбора типа рассчитываемой поверхности. В итоге, для расчета молекулярной поверхности были использованы следующие команды: set dot_solvent, off ; get_area 2k4a_n, где n - номер модели (например, 0003). А для вычисления поверхности, доступной для растворителя: set dot_solvent, on ; get_area 2k4a_n. Данные расчеты были проведены для всех 20 моделей. Результаты представлены на графиках ниже.
Рисунок 2. Площади поверхностей структуры 2k4a.
Как видно из рисунка 2, площадь молекулярной поверхности в два раза больше площади поверхности, которая доступна для растворителя. Из рисунка 3, который описывает соотношение площадей поверхностей, по линейной аппроксимации можно сделать сказать, что при увеличении площади молекулярной поверхности увеличивается площадь поверхности, доступной для растворителя.
Рисунок 3. Отношение площади молекулярной поверхности к площади, доступной для растворителя.
Остатки, которые отвечают за межцепочечные контакты, расположены на расстоянии, не превышающем 3,5 Å. Для поиска этих остатков и дальнейшей визуализации поверхностей, был использован оператор byres. На рисунке 4 выделены остатки, отвечающие за контакты (красные и желтые). Если разделять остатки командой extract, то поверхность контакта становится более четкой, так как при построении используются только те остатки, что мы выделили.
Рисунок 4. Поверхности статков, отвечающих за межцепочечные контакты. Справа поверхность получена при разделении атомов на объекты.