Anna Zheltova
Fourth term (Четвертый семестр):
Molecular phylogeny (Молекулярная филогения)
Phylogeny reconstruction (реконструкция филогении)
Enzymes and metabolic pathways. KEGG database. (Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG)
Membrane proteins(Мембранные белки)
1. Отнесение белка DNA-directed RNA polymerase subunit A' к терминам GO.
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST был обнаружен в БД GO белок, являющийся близким гомологом, EAL67745 (RNA polymerase II core subunit), e-value= 1.9e-131
Организм, которому принадлежит находка,- Dictyostelium discoideum AX4
Lineage( full ): cellular organisms; Eukaryota; Amoebozoa; Mycetozoa; Dictyosteliida; Dictyostelium; Dictyostelium discoideum
Этот белок является гомологом, таксономия организмов Methanopyrus kandlerii AV19 и Dictyostelium discoideum AX4 очень сильно отличается.
Таблица 1.Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot EAL67745:
Таблица 2. Описание кодов достоверности:
Достоверность информации оставляет желать лучшего, так как большинство аннотации было создано с помощью переноса или компьютерных вычислений.
2. Описание термина GO:0003899
Таблица 3. Информация о термине GO:0003899.
Графическое представление предков данного термина:
Рис.1. Графическое представление предков термина GO:0003899.
К сожалению именно моего белка найти не удалось, однако был найден гомолог. Как следует из предстиавленных данных, РНК-полимераза 2 транскрибирует гены, которые затем будут транслированы в белки, а также выполняет типичные для полимеразы функции..