Анализ генома бактерии Syntrophus aciditrophicus SB.

Исходными данными для анализа является хромосомная таблица, о ее получении написано в разделе "скрипты". Посмотреть хромосомную таблицу можно здесь.

С помощью встроенных функций Excel рассчитаны следующие данные о белках генома бактерии:

Рассмотрим подробнее длины белков. Как видно из таблицы, длина варьирует от 39 до 1606 аминокислот. График эмпирического распределения длин белков представлен на рисунке 1. Функция показывает количество белков, длина которых меньше некоторого значения. В данном случае взят интервал между соседними такими значениями равный 10. По графику видно, что с ростом значения, темп роста количества белков падает.

Рисунок 1. Эмпирическая функция распределения длин белков. Получена с помощью Excel.

Другой наглядной характеристикой является гистограмма распределения по различным интервалам. Рассмотрим это на примере длин кодирующих участков. Эти значения изменяются от 120 до 4821. Эта гистограмма представлена на рисунке 2.

Рисунок 2. Гистограмма встречаемости кодирующих участков по интервалам длин. Получена с помощью Excel.

Для сравнения длин кодирующих участков на прямой и обратной цепи получена двойная гистограмма, представленная на рисунке 3.

Рисунок 3. Двойная гистограмма встречаемости кодирующих участков по интервалам длин. На рисунке синие столбики - количество участков на прямой цепи, а красные - на обратной. Получена с помощью Excel.