Характеристика бактерии Syntrophus aciditrophicus SB

Бактерия Syntrophus aciditrophicus SB (русское название мне неизвестно) это палочковидная грамотрицательная бактерия, ведущая синтрофический образ жизни, то есть за счет продукции другого организма. У бактерии есть механизмы для продукции энергии и транспорта электронов за счет разложения жирных и ароматических кислот. Syntrophus aciditrophicus играет важнейшую роль в переработке метана и двуокиси углерода. Размножение происходит довольно редко: одно поколение в 24-50 часов (учитывая, что они довольно малы и тот факт, что для жизнедеятельности им необходимо наличие симбионта становится понятна малая изученность штамма) [1].

К сожалению, микрофотографию данной бактерии я не нашла, но фотографию вида, относящегося к тому же семейству (Syntrophaceae) можно увидеть на рисунке 1.

Рисунок 1. Микрофотография Desulfobacca acetoxidans. Это фотография с сайта http://www.standardsingenomics.org/ [1].

Впервые бактерия была выделена из ила очистных сооружений в Оклахоме.

Идентификатор проекта по изучению генома этой бактерии в базе данных NCBI - NC_007759.1. Геном содержит 3,179,300 пар нуклеотидов. Генов в последовательности 3217, из них 3166, кодирующих белки, 48 генов тРНК и 3 гена рРНК.

АТФ-синтаза - комплекс из нескольких белковых субъединиц, выполняющий одну из важнейших функций - синтез АТФ из АДФ и неорганического фосфата. Это происходит за счет пропускания положительно заряженных ионов через мембрану по градиенту концентрации, а также с использованием разности потенциалов на мембране. Существует 2 типа АТФ-синтазы: F_OF₁ и V_OV₁. Первый можно найти в бактериях, митохондриях и хлоропластах, второй представлен преимущественно у архей и в вакуолях растений. Так как белки, входящие в АТФ-синтазу, необходимы клетке вместе, то целесообразно располагать из рядом в геноме. Поэтому, такие белки образуют оперон.

У Syntrophus aciditrophicus такой оперон состоит, предположительно, из 10 генов. Однако среди них есть 2 неизвестных белка, то есть в базе данных NCBI нет информации о них. АТФ-синтаза этой бактерии относится к типу F_OF₁, что отражено в продуктах генов, входящих в оперон. Графическая интерпретация этого оперона представлена на рисунке 2. Это участок от 3 121 990 до 3 129 740 нуклеотида на обратной цепи. Краткая характеристика генов, входящих в оперон, находится в таблице 1.

Рисунок 2. Оперон генов, кодирующих АТФ-синтазу. Зеленой линией отделен ген, не входящий в оперон. Рисунок получен при помощи базы данных NCBI

Таблица 1. Характеристика оперона АТФ-синтазы Syntrophus aciditrophicus SB. Гены представлены в порядке 5’ - 3’, при этом координаты уменьшаются, так как оперон расположен на обратной цепи