|
||||||
Главная | Семестры | Скрипты | Обо мне | Ссылки |
|
|
Представления филогенетического дерева Для выполнения этого практикума было дано филогенетическое дерево нескольких бактерий отдела Firmicutes. Нужно было выбрать несколько организмов (таблица 1) и составить дерево для них (рисунок 1). Таблица 1.Выбранные бактерии
![]() Рисунок 1. Филогенетическое дерево для бактерий из таблицы 1. Получено с помощью программы MEGA Скобочная интерпретация дерева, изображенного на рисунке 1:
Полученное дерево содержит несколько нетривиальных ветвей:
С помощью сервиса NCBI я посмотрела таксономические группы бактерий из таблицы 1 и их соответсвие дереву. Все эти бактерии принадлежат классу Bacilli. Первое разветвление дерева соответствует делению на порядки: бактерии из порядка Lactobacillales (LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM) противопоставляются порядку Bacillales (LISMO,BACAN,GEOKA). Следующее разветвление - деление на семейства, при чем LACDA и LACAC относятся к одному семейству Lactobacillaceae, а ENTFA и LACLM - к разным (Enterococcaceae и Streptococcaceae соответственно). В нижней половине дерева (на рисунке 1) деление проходит строго аналогично таксономическому делению: BACAN и GEOKA принадлежат семейству Bacillaceae, а LISMO - другому - Listeriaceae. Укоренение в среднюю точку Для реконструкции дерева бактерий я использовала последовательности белков - факторов элонгации EFTS. Выравнивание этих белков можно скачать здесь. Дерево, реконструированное из этого выравнивания методом "Neighbor Joining Using % Identity" неукорененное, один из методов укоренения - укоренение в среднюю точку (середина самой длинной ветви). Изображение такого дерева представлено на рисунке 2. ![]() Рисунок 2. Укорененное в среднюю точку дерево. Получено с помощью программы MEGA Корень разделяет ветви {BACAN,GEOKA,LISMO,ENTFA} против {LACDA,LACAC,LACLM}, что неправильно с точки зрения филогении (ошибка в порядке). Построение дерева по нуклеотидным последовательностям Для работы были взяты последовательности РНК 16S субъединицы рибосомы бактерий из таблицы 1. Fasta-файл с ними можно скачать здесь. Последовательности были выровнены программой muscle, был получен этот файл. По нему с помощью программы MEGA было построено дерево методом максимального правдоподобия. Полученное дерево представлено на рисунке 3. ![]() Рисунок 3. Дерево, построенное по последовательностям 16S субъединицы рибосом. Получено с помощью программы MEGA Ветви представленного на рисунке 3 дерева полностью соответствуют полученным ранее (из белковых последовательностей). Построение и анализ дерева, содержащего паралоги С помощью программы blast были найдены все гомологи белка CLPX_BACSU бактерии Bacillus subtilis в протеомах бактерий, указанных в таблице 1. Получилось 33 гомолога. Выравнивание последовательностей этих белков можно скачать тут. По выравниванию методом максимального правдоподобия было построено дерево. Оно представлено на рисунке 4. ![]() Рисунок 4. Дерево, построенное по гомологам белка CLPX_BACSU. Получено с помощью программы MEGA Паралогами называются белки, являющиеся гомологичными и принадлежащие одному организму. Паралоги образуются в результате внутригеномных мутаций одного вида. Было найдено несколько паралогов, например, 4 белка организма Bacillus anthracis (исходный CLPX_BACAN, HSLU_BACAN, Q81VV9_BACAN и Q81VX5_BACAN). Ортологичные белки - гомологичные белки, разошедшиеся в результате видообразования. Группой таких белков является, например вся верхняя ветвь рисунка 4, включающая 7 белков (CLPX_GEOKA, CLPX_BACAN, CLPX_LISMO, CLPX_ENTFA, CLPX_LACLM, Q5FKR6_LACAC, Q1GAP8_LACDA). |
||||||||||||||||||||||||||||||||
© Pogorelskaya Sasha | Last modification date: 09.05.15 |