Геномное окружение. База данных STRING

В этом практикуме я анализирую белок с идентификатором YP_461098.1 бактерии Syntrophus aciditrophicus SB, упоминавшийся в отчетах первого семестра. На рисунке 1 представлен граф взаимодействий для этого белка, полученный из базы данных STRING на первом уровне близости. В "центре" графа - исходный белок, на рисунке видно, что для этого белка выявлена пространственная структура.

Рисунок 1. Граф взаимодействия на первом уровне близовсти для белка YP_461098.1. Рисунок получен с помощью базы данных STRING. Легенда представлена в таблице 1

Таблица 1.Легенда графа взаимодействий рисунка 1.

Один из наденных белков (соответствуюший темно-зеленой вершине графа) относится к тому же семейству белков, что и исследуемый - семейство репрессоров. Другой белок (синяя вершина) является транспозазой, то есть обладает способностью связывания с ДНК, как и исследуемый, однако, с одноцепочечной ДНК. Два других белка с известной функцией являются трансмембранными с транспортной активностью.

Рисунок 2. Геномное окружение. Дерево организмов представлено до филума. Гены изображены в тех же цветах, что и на рисунке 1. Получено с помощью базы данных STRING

Полное развернутое дерево геномного окружения можно посмотреть тут. В нем раскрыты все ветви, для которых в базе данных представлено геномное окружение. Большинство схем взаимного расположения исследуемых белков характерны только для систематически довольно узких групп организмов. Чаще всего между исходным белком и найденными в геноме закодированы другие белки.

Образование оперонов из найденных белков маловероятно, так как в большинстве случаев они разнонаправленны.

Достоверных случаев обнаружения сшивок между белками не было обнаружено.

На рисунке 3 представлена совместная встречаемость найденных белков. Яркость красного цвета квадрата коррелирует с уровнем достоверности гомологии.

Рисунок 3. Совместная встречаемость. Получено с помощью базы данных STRING

Из рисунка 3 видно, что образуется некоторый паттерн встречаемости из двух белков-регуляторов транскрипции (красный и темно-зеленый) и белка ABC-транспортера. Однако уровень достоверности у найденных гомологов белков-ругуляторов транскрипции довольно низок.