Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Отчёт должен иметь ссылки на файлы с результатами счёта.

Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

Цель данного занятия ознакомится с возможностями моделирования молекулярной динамики.

В этом занятии мы будем рользоваться пакетом молекулярной динамики Gromacs. Это программное обеспечение распостраняется под лицензией GPL, т.е. пользователь может скачать исходный код и свободен его изменять по своему усмотрению.

Общие положения

Типы файлов:

Основные программы из пакета, которые будут использованны на занятии:

Программы запускаются в консоли, флаги запуска программ начинаются с -, например -f. Как правило после флага следует либо имя файла либо значение параметра. Смотрите примеры ниже. 

   1 gmx editconf -f my.gro -o my.pdb


   1 gmx genbox -cp my.gro -cs mysolvent.gro -p my.top -o my_solvated.gro


   1 gmx genion -s my.tpr -np 10 -p my.top -o my_ions.gro 
   2 -np это добавить 10 положительно заряженых ионов


   1 gmx grompp -f my.mdp -c my.gro -p my.top


   1 gmx mdrun -deffnm my
   2 здесь параметр -deffnm означает, что выходные файлы будут называться как и входной файл, только с другими расщирениями

Настройка соединения с суперкомпьютером Lomonosov

Доступ к суперкомпьютеру возможен только по ssh ключам. Скопируйте и настройте их использование: 

   1 rm ~/.ssh
   2 mkdir ~/.ssh
   3 cat /home/preps/golovin/skif/config >> ~/.ssh/config
   4 cp /home/preps/golovin/skif/lom ~/.ssh
   5 chmod 600 ~/.ssh/lom

Проверьте соединение: 

   1 ssh lom

Объекты для практикума

На этом занятии Вам предлагается 4 различных систем для моделирования. Перейдите по ссылке для подробных инструкций по выполнению каждого задания.