|
|
|
|
|
|
Блок 1: структуры нуклеиновых кислот. A-, B- и Z- формы ДНК. Структура РНК.
Задание 1. Структуры A-, B- и Z- форм ДНК (последовательность atgc*5)
Структуры A-, B- и Z- форм ДНК (последовательность atgc*5) в формате *.pdb:
A-форма
B-форма
Z-форма
A-форма |
A-форма с торца |
B-форма  |
B-форма с торца |
Z-форма  |
Z-форма с торца |
Задание 2. Упражнение 1.
Структуры A-, B- и Z- форм ДНК (последовательность atgc*5) в формате *.pdb:
а: сахарофосфатный остов ДНК
б: все нуклеотиды
в: все аденины
г: атом N7 во всех гуанинах
атом N7 в первом по последовательности гуанине
В обеих структурах нет разрывов.
 |
Остов заданной тРНК. |
 |
Остов заданной ДНК. |
Задание 3. Упражнение 1.
 |
 |
Рассматриваемое основание - тимин. Для А-формы: 1. В сторону большой бороздки обращены атомы N1, N3, C2, C6, O2 2. В сторону малой бороздки обращены атомы C4, С5, С5M, O4 |
 |
Для В-формы: 1. В сторону большой бороздки обращены атомы N3, C4, C5, C6, C5M, O4 2. В сторону малой бороздки обращены атомы N1, C2, O2 |
 |
Для Z-формы (для цитозина): 1. В сторону большой бороздки обращены атомы N3, N4, C4, C5, C6 2. В сторону малой бороздки обращены атомы O2, С2, O1 |
Задание 3. Упражнение 2.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | (G) 16,49 | (A) 17,21 | (C) 18,30 |
| Ширина малой бороздки (Å) | (G) 7,98 | (A) 11,69 | (C) 9,68 |
Задание 3. Упражнение 3.
| Торсионные углы для тимидина | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
| А-форма презентация | -62 | 173 | 52 | 88 или 3 | 178 | -50 | -160 |
| А-форма | -51.68 | 174.80 | 41.70 | 79.09 | -149.80 | -75.09 | 22.73 |
| B-форма презентация | -63 | 171 | 54 | 123 или 131 | 155 | -90 | -117 |
| В-форма | -29.89 | 136.32 | 31.10 | 143.34 | -140.77 | -160.80 | -98.00 |
Задание 4. Упражнение 1.
1) Сравнение торсионных углов в разных формах ДНК.
Торсионные углы в A-форме ДНК |
Торсионные углы в B-форме ДНК |
Торсионные углы в Z-форме ДНК |
В А- и В-формах наиболее близки значения торсионных углов gamma и epsilon, а наиболее различаются углы delta, zeta и chi. В Z-форме значения торсионных углов чередуются. Во всех торсионных углах, корме угла alpha, Z-формы ДНК одно из значений близко к значению соответствующего угла в А- или В-форме ДНК. У угла delta одно из значений близко к А-форме, другое - к В-форме.
2) Торсионные углы в заданной тРНК.
Торсионные углы в цепи I |
Торсионные углы в цепи II |
Ближе всего значения торсионных углов в заданной тРНК к А-форме ДНК. Но иногда прослеживается чередование значений, сходных со значениями Z-формы. Но довольно редко и не по всем углам.
3) Торсионные углы в заданной ДНК.
Торсионные углы в цепи I |
Торсионные углы в цепи II |
Светло-сиреневым отмечены значения углов, наиболее отклоняющихся от среднего. Таким образом, наиболее деформированные нуклеотиды: в цепи 1 - 7Т, 8А, 11С, 13Т, в цепи 2 - 2G, 6A, 8T.
|