|
|
|
|
|
|
Блок 2: последовательности нуклеиновых кислот.
Практика 3: программы пакета BLAST
для работы с нуклеотидными последовательностями.
Задание 1. Поиск гомологов белка SRFAC_BACSU в геноме Listeria monocytogenes
Число находок с E-value < 0,001 - 4
E-value лучшей находки - 1e-42
Название последовательности с лучшей находкой - AL591977
Координаты лучшей находки (от-до) - 116520 115057
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой
38.98%
Задание 2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN
а)в какой записи EMBL присутствует эта последовательность:
В записи EM_PRO:L20800 L20800.1 (Clostridium perfringens tetracycline resistance protein
(tetA(P) and tetB(P)) genes, complete cds's, and three
unidentified coding regions).
б) каковы координаты заданной последовательности в записи?
Cоответствует ли она самой записи или комплементарна ей?
1483-1662. Она соответствует самой записи
в) описан ли в поле FT какой-либо участок,
включающий данную последовательность или хотя бы пересекающийся с ней?
Eсли да, то что это за участок и как соотносится его направление с направлением заданной
последовательности?
В поле FT описан участок 1063-2325. Этот участок имеет прямое направление и кодирует tetracycline resistance protein.
Задание 3. Поиск гомологов гена программой BLASTN.
Число находок с E-value < 0,001 - 0
Находка с самым маленьким e-value: AL591977, e-value = 0.78.
То есть ни о каком гомологичном гене речи не идет. В данном случае использование BLASTN не эффективно.
|