|
|
|
|
|
|
Блок 2: последовательности нуклеиновых кислот.
Практика 1: банк EMBL.
1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRS.
a) Дата последнего проиндексированного в системе релиза EMBL - 08-09-2011
Количество записей в нём - 71833235
b) Cписок классов ("Data Class") банка EMBL:
| Классы | Обозначение | Число записей, проиндексированных в SRS |
| CON: | Constructed sequence | - |
| EST: | Expressed Sequence Tag | - |
| GRV: | Genome Reviews | - |
| GSS: | Genome Survey Sequence | 32578894 |
| HTC: | High Throughput cDNA sequencing | 533398 |
| HTG: | High Throughput Genome sequencing | 145701 |
| MGA: | Mass Genome Annotation | - |
| PAT: | Patent | 22346593 |
| SET: | Project set (EMBL WGS Masters only) | - |
| STD: | Standard | 11737741 |
| STS: | Sequence Tagged Site | 1322285 |
| TSA: | Transcriptome Shotgun Assembly | 3168623 |
| WGS: | Whole Genome Shotgun | - |
c) Cписок разделов ("Divisions") Банка EMBL:
| Классы | Обозначение | Число записей в последнем релизе |
| ENV: | Environmental Samples (Проба окружающей среды) |
6637887 |
| FUN: | Fungi (Грибы) |
2219095 |
| HUM: | Human (Человек) |
10687844 |
| INV: | Invertebrates (Беспозвоночные) |
5906093 |
| MAM: | Other Mammals (Другие млекопитающие) |
5765536 |
| MUS: | Mus musculus (Домовая мышь) |
4779883 |
| PHG: | Bacteriophage (Бактериофаги) |
8082 |
| PLN: | Plants (Растения) |
17132180 |
| PRO: | Prokaryotes (Прокариоты) |
1467025 |
| ROD: | Rodents (Грызуны) |
1265394 |
| SYN: | Synthetic (Синтетические) |
3632878 |
| TGN: | Transgenic (Трансгенные) |
265545 |
| UNC: | Unclassified (Неклассифицированные) |
7500493 |
| VRL: | Viruses (Вирусы) |
1177936 |
| VRT: | Other Vertebrates (Другие позвоночные) |
3387364 |
2. Описание гена в записи банка EMBL.
Ген - FLOT1
Направление гена относительно направления, выбранного для записи - прямое
Число кодирующих участков - 12
Длина первого и последнего кодирующих участков:
первого кодирующего участка - 1200033-1199991+1=43
последнего кодирующего участка - 1214072-1214043+1=30
Длина первого и последнего интронов между кодирующими участками:
первого интрона - 1200313-1200033-1=279
последнего интрона - 1214043-1212166-1=1876
3. Нахождение белка по фрагменту гена.
Самый длинный экзон 1211088..1211269
Файл с самым длинным кодирующим участком - thelongest.fasta.
1. Использовала программу blastx
2. Выбрала поиск по базе данных swiss prot
3. Нашлось...
>sp|O75955.3|FLOT1_HUMAN Gene info linked to O75955.3Genome view with mapviewer linked to O75955.3
RecName: Full=Flotillin-1 Length=427 GENE ID: 10211 FLOT1 | flotillin 1 [Homo sapiens] (Over 10 PubMed links) Score = 65.5 bits (158), Expect = 2e-13 Identities = 33/33 (100%), Positives = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%) Frame = +3 Query 81 EQEIARREKELEARVRKPAEAERYKLERLAEAE 179 EQEIARREKELEARVRKPAEAERYKLERLAEAE Sbjct 269 EQEIARREKELEARVRKPAEAERYKLERLAEAE 301
4. Ссылки из записи банка Swiss-Prot на записи банка EMBL.
| ID записи | Тип молекулы | Класс данных | Дата внесения в банк | Описание | Длина последовательности |
| X70356 | genomic DNA | STD | 07-AUG-1993 | B.subtilis srfA-sfp gene region for surfactin synthetase | 32802 |
| D50453 | genomic DNA | STD | 01-FEB-1997 | Bacillus subtilis DNA, 25-36 degree region | 1461912 |
| AL009126 | genomic DNA | STD | 18-JUL-2002 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete genome | 4215606 |
|