|
|
|
|
|
|
Блок 2: Самостоятельная работа
Дано: неаннотрованный участок генома бактерии Streptococcus pneumoniae (штамм TIGR4 ctg00822).
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).
Определение инструментов для решения поставленной задачи:
Получение полного протеома B. subtilis из Swiss-Prot:
seqret sw:*_BACSU
output sequence(s) : bacsu.fasta
Создание индексных файлов для поиска программами пакета BLAST
makeblastdb -in bacsu.fasta -dbtype prot -out bacsu
Извлечение из данного фрагмента генома трансляции всех открытых рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов (открытой рамкой считается последовательность, начинающаяся со старт-кодона и заканчивающаяся стоп-кодоном):
getorf -find 1 -minsize 240 -sequence AAGY02000002.fasta -outseq AAGY02000002.orf -table 11
Программой getorf были получены трансляции всех открытых рамок считывания данного фрагмента длиной не менее 240 нуклеотидов: getorf -minsize 240 -find 1 -table 11 ...
Подсчет для каждой открытой рамки считывания числа сходных последовательностей, полученных программой blastp : Скрипт тут
| Рамка считывания | Начало-конец во фрагменте | Направление | Число сходных последовательностей, найденных программой blastp в протеоме при условии E_value меньше 0.001 | Идентификатор самого близкого из найденных белков B. subtilis | E-value находки |
| >AAGY02000005_2 | 2546 - 3022 | Прямое | 1 | RLMH_BACSU | 9e-48 |
| >AAGY02000005_3 | 3453 - 4775 | Прямое | 2 | MALK_BACSU | 1e-06 |
| >AAGY02000005_4 | 4775 - 5524 | Прямое | 2 | LYTT_BACSU | 5e-07 |
| >AAGY02000005_5 | 6482 - 7000 | Прямое | 1 | YHGE_BACSU | 2e-21 |
| >AAGY02000005_6 | 6333 - 5773 | Обратное | 1 | YXBF_BACSU | 2e-04 |
| >AAGY02000005_7 | 2375 - 1185 | Обратное | 3 | YYXA_BACSU | 3e-73 |
| >AAGY02000005_8 | 1127 - 369 | Обратное | 2 | SP0J_BACSU | 3e-54 |
Схематическое изображение положения открытых рамок во фрагменте: Тут
В схеме B. subtilis все гены расположены очень далеко друг от друга (минимальное расстояние между RLMN и YYXA: 16080) В схеме генома Spneumoniae наблюдается перекрывание MALK и LYTT. Возможно, функции этих генов связаны, так как происходит перекрывание их последовательностей => они одновременно транскрибируются.
|